如何用ggpubr绘制无连线的均值点+误差棒图（不含ggline连线）

需求说明 #

我已经学过不少ggpubr的使用教程，基本掌握了它的用法。但我不需要ggline()生成的连线图，只想做仅包含均值点和误差棒的图表（也就是去掉ggline里的连线）。我之前常用ggplot的geom_point() + geom_errorbar()画这类图，但不知道怎么在ggpubr里用stat_compare_means()和stat_pvalue_manual()给目标图表添加显著性标记。

我目前的代码是这样的：

# Line plot of mean +/-se
ggline(ToothGrowth, x = "dose", y = "len", add = "mean_se")+
  stat_compare_means() +                                         # Global p-value
  stat_compare_means(ref.group = "0.5", label = "p.signif",
                     label.y = c(22, 29))  

我想要的图表效果是只有均值点和误差棒，没有各组之间的连线。另外我试过ggdotplot()，但它默认是散点图，没法给每个条件只生成一个均值点。

解决方法 #

方法1：修改ggline参数去掉连线 #

直接在ggline()里设置linetype = "blank"，就能保留均值点和误差棒，同时去掉连线，再继续添加显著性标记即可：

ggline(ToothGrowth, x = "dose", y = "len", add = "mean_se", linetype = "blank")+
  stat_compare_means() +                                         # 全局p值
  stat_compare_means(ref.group = "0.5", label = "p.signif",
                     label.y = c(22, 29))  

方法2：用ggdotplot生成均值点+误差棒 #

如果想换用ggdotplot()，可以通过设置统计参数来生成单均值点和误差棒：

ggdotplot(ToothGrowth, x = "dose", y = "len", 
          stat = "summary", fun = "mean_se")+
  stat_compare_means() +
  stat_compare_means(ref.group = "0.5", label = "p.signif",
                     label.y = c(22, 29))  

手动添加p值（stat_pvalue_manual用法） #

如果你需要自定义p值或者用预先计算好的p值，可以先计算各组p值，再用stat_pvalue_manual()添加：

# 先计算各组与参考组的p值
p_values <- compare_means(len ~ dose, data = ToothGrowth, ref.group = "0.5")

# 绘制图表并添加手动p值标记
ggline(ToothGrowth, x = "dose", y = "len", add = "mean_se", linetype = "blank")+
  stat_compare_means() +                                         # 全局p值
  stat_pvalue_manual(p_values, label = "p.signif", label.y = c(22, 29))

新手教程推荐 #

给同是新手的朋友推荐两个优质ggpubr教程：

• STHDA网站的《给ggplot添加p值和显著性水平》教程
• Datanovia网站的《如何给ggplot分面添加p值》教程

内容的提问来源于stack exchange，提问作者anisac