如何从CHEMBL数据库下载兼具双靶点活性的化合物列表？

完全不需要手动整理，ChEMBL提供了多种方式直接筛选并导出同时作用于两个靶点的化合物，以下是两种最常用的方法：

方法一：通过ChEMBL Web界面可视化筛选 #

• 先确认目标靶点的ChEMBL ID：比如雌激素受体α的ID是CHEMBL206，NMDA受体（GluN1/GluN2B亚型）的ID是CHEMBL240（可在ChEMBL靶点搜索页确认准确ID）
• 进入ChEMBL的化合物搜索页面，点击“Add filter”，选择“Target”类型，输入第一个靶点的ID或名称，设置活性筛选条件（比如选择IC50作为标准类型，阈值设为< 100 nM，根据你的研究需求调整）
• 再次点击“Add filter”，添加第二个靶点的筛选条件，同样设置对应的活性标准，务必将两个筛选条件的逻辑关系设为“AND”（默认可能是OR，要手动切换）
• 筛选完成后，点击页面顶部的“Download”按钮，选择CSV、SDF等格式导出符合条件的化合物列表

方法二：通过SQL查询ChEMBL数据库（适合批量/自定义需求） #

如果你能访问ChEMBL的公开PostgreSQL数据库镜像，可以用SQL语句直接查询交集：

SELECT DISTINCT m.chembl_id, m.pref_name, a1.standard_value AS er_ic50, a2.standard_value AS nmda_ic50
FROM molecule_dictionary m
JOIN activities a1 ON m.molregno = a1.molregno
JOIN target_dictionary t1 ON a1.tid = t1.tid
JOIN activities a2 ON m.molregno = a2.molregno
JOIN target_dictionary t2 ON a2.tid = t2.tid
WHERE 
  -- 雌激素受体活性条件
  t1.chembl_id = 'CHEMBL206'
  AND a1.standard_type = 'IC50'
  AND a1.standard_value < 100
  AND a1.standard_units = 'nM'
  -- NMDA受体活性条件
  AND t2.chembl_id = 'CHEMBL240'
  AND a2.standard_type = 'IC50'
  AND a2.standard_value < 100
  AND a2.standard_units = 'nM';

• 这段SQL会返回同时满足两个靶点IC50小于100nM的化合物，包含化合物ID、名称及对应活性值，DISTINCT用于去除同一化合物的重复记录

注意事项 #

• 靶点ID一定要准确：很多靶点有多个亚型（比如NMDA受体不同亚型的ChEMBL ID不同），需要先在ChEMBL靶点库中确认目标靶点的精确ID
• 活性标准要统一：尽量选择相同的活性类型（比如都是IC50或Ki）和单位，避免筛选结果出现偏差
• Web界面筛选时，若需要更精细的条件（比如特定的活性关系，如“拮抗剂”），可以在靶点筛选中进一步添加“Activity Relationship”的过滤条件

内容的提问来源于stack exchange，提问作者S Sil