Ubuntu 22.04.1 LTS环境下安装R包时libcurl4-openssl-dev无法被识别的技术求助

我在Ubuntu 22.04.1 LTS系统中已经通过以下命令安装了系统级的libcurl4-openssl-dev：

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

随后创建了一个Miniconda环境，并在其中安装了比base环境更旧的R版本（3.6.1），环境信息如下：

sessionInfo()
R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 22.04.1 LTS
Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /home/studenti/miniconda3/envs/biobakery-melonnpan/lib/libopenblasp-r0.3.12.so
locale:
[1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_GB.UTF-8 LC_COLLATE=en_GB.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.1

尝试批量安装R包时出现依赖缺失报错：

R -q -e "install.packages(c('devtools', 'glmnet', 'foreach', 'getopt', 'doParallel', 'vegan', 'data.table', 'ggplot2', 'AssocTests', 'optparse', 'tibble'), repos='http://cran.r-project.org')"

报错摘要：

ERROR: dependency ‘credentials’ is not available for package ‘gert’
removing ‘/home/studenti/miniconda3/envs/biobakery-melonnpan/lib/R/library/gert’
ERROR: dependency ‘httr’ is not available for package ‘gh’
removing ‘/home/studenti/miniconda3/envs/biobakery-melonnpan/lib/R/library/gh’
ERROR: dependencies ‘systemfonts’, ‘textshaping’ are not available for package ‘ragg’
removing ‘/home/studenti/miniconda3/envs/biobakery-melonnpan/lib/R/library/ragg’
ERROR: dependency ‘fExtremes’ is not available for package ‘AssocTests’
removing ‘/home/studenti/miniconda3/envs/biobakery-melonnpan/lib/R/library/AssocTests’
ERROR: dependencies ‘curl’, ‘gert’, ‘gh’ are not available for package ‘usethis’
removing ‘/home/studenti/miniconda3/envs/biobakery-melonnpan/lib/R/library/usethis’
ERROR: dependencies ‘httr’, ‘ragg’ are not available for package ‘pkgdown’
removing ‘/home/studenti/miniconda3/envs/biobakery-melonnpan/lib/R/library/pkgdown’
ERROR: dependencies ‘usethis’, ‘pkgdown’, ‘rcmdcheck’, ‘rversions’, ‘urlchecker’ are not available for package ‘devtools’
removing ‘/home/studenti/miniconda3/envs/biobakery-melonnpan/lib/R/library/devtools’

单独安装依赖包时遇到ANTICONF错误，提示找不到libcurl：

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your PATH and
PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config is unavailable
you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------

针对Miniconda环境隔离系统库导致的libcurl无法被R识别问题，你可以尝试以下几种方法：

方法1：在conda环境中安装libcurl #

Miniconda环境默认会优先使用环境内的库，而非系统库。你可以直接在目标conda环境中安装libcurl包，这样R就能找到对应的依赖：

# 激活你的conda环境
conda activate biobakery-melonnpan
# 安装conda版本的libcurl和pkg-config
conda install -c conda-forge libcurl pkg-config

安装完成后，再尝试重新安装R包：

install.packages(c('curl', 'httr', 'devtools'), dependencies=TRUE)

方法2：手动指定libcurl的路径给R #

如果不想用conda版本的libcurl，可以手动告诉R系统级libcurl的位置。首先找到系统中libcurl的头文件和库文件路径：

# 查找libcurl.pc的位置
find /usr -name "libcurl.pc"
# 通常路径是/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig/libcurl.pc

提取对应的路径：

• INCLUDE_DIR：通常为/usr/include/x86_64-linux-gnu
• LIB_DIR：通常为/usr/lib/x86_64-linux-gnu

接下来，用install.packages指定配置变量安装curl包（这是最基础的依赖）：

install.packages('curl', configure.vars = c(INCLUDE_DIR = '/usr/include/x86_64-linux-gnu', LIB_DIR = '/usr/lib/x86_64-linux-gnu'))

安装好curl后，再依次安装httr、gert、gh等依赖，最后安装devtools和其他目标包。

方法3：设置环境变量让R识别系统库 #

在激活conda环境后，设置PKG_CONFIG_PATH环境变量，让pkg-config能找到系统的libcurl.pc文件：

conda activate biobakery-melonnpan
export PKG_CONFIG_PATH="/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH"

然后启动R，尝试安装包：

install.packages('curl', dependencies=TRUE)

如果希望每次激活环境都自动设置这个变量，可以把export命令添加到conda环境的activate.d脚本中：

mkdir -p $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d
echo 'export PKG_CONFIG_PATH="/usr/lib/x86_64-linux-gnu/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH"' >> $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d/env_vars.sh

方法4：针对旧版R的兼容性调整 #

你的R版本是3.6.1，属于较旧的版本，部分新的R包可能不再支持该版本。对于报错中提到的fExtremes（AssocTests的依赖），你可能需要安装与R 3.6.1兼容的旧版本：

# 先确保devtools能安装成功
install.packages('devtools')
library(devtools)
# 安装兼容R 3.6.x的fExtremes版本
install_version('fExtremes', version='3042.82')

安装完fExtremes后，再尝试安装AssocTests。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Andrea Gatti