使用jsonlite读取jsPsych输出JSON文件报错，求解决

问题场景 #

使用jsonlite库读取文件夹内所有jsPsych输出的JSON文件，合并为单个R dataframe时触发以下错误：

lexical error: invalid char in json text.
subject-64518a37ad8eb.json
(right here) ------^

原代码如下：

library(jsonlite)
dataset <- data.frame()
for (i in 1:length(file_list))
{  
  cat(i," ") 
  temp_data <- fromJSON(file_list[i])  
  dataset <- rbind(dataset, temp_data) 
}
head(dataset)

错误原因 #

报错核心是fromJSON()把文件名字符串当成了JSON文本解析，而非读取对应路径的文件内容。通常由以下原因导致：

• file_list仅存储文件名，而非完整文件路径，且文件不在当前工作目录下
• 当前工作目录设置错误，R无法定位目标文件
• file_list中混入了非JSON文件路径

解决方案 #

1. 生成带完整路径的有效文件列表 #

用list.files()指定full.names=TRUE获取完整文件路径，同时通过pattern筛选仅JSON文件：

# 替换为你的JSON文件所在文件夹路径
target_dir <- "./jsPsych_data"
# 获取所有JSON文件的完整路径
file_list <- list.files(path = target_dir, pattern = "\\.json$", full.names = TRUE)

2. 高效批量读取与合并 #

避免循环rbind（效率低，尤其文件数量多），改用lapply批量读取后用dplyr::bind_rows合并，同时处理jsPsych JSON的嵌套结构：

library(jsonlite)
library(dplyr)

# 读取并扁平化嵌套JSON结构
read_jsons <- function(file_path) {
  fromJSON(file_path, flatten = TRUE)
}

# 批量读取所有文件
data_list <- lapply(file_list, read_jsons)

# 合并为单个dataframe
dataset <- bind_rows(data_list)

head(dataset)

3. 安全性检查（可选） #

添加文件存在性校验，避免因无效路径报错：

data_list <- lapply(file_list, function(path) {
  if (file.exists(path)) {
    fromJSON(path, flatten = TRUE)
  } else {
    warning(paste("文件不存在：", path))
    NULL
  }
})

# 过滤空值后合并
dataset <- bind_rows(Filter(Negate(is.null), data_list))

关键说明 #

• jsPsych输出的JSON多包含嵌套结构，flatten=TRUE可将嵌套字段展开为dataframe的列
• lapply+bind_rows的组合比循环rbind性能更优，适合处理大量文件

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Elisa Scerrati