Bootstrap函数返回NA值求助：为何所有t1*值均为NA？

运行的R代码 #

library(MASS)
library(boot)
library(shiny)

mean_func <- function(data, indices) {
  mean_score <- mean(data[indices, "Score"])
  return(mean_score)
}
paintersnum <- painters[,1:4] #making sure that there are only numeric variables in the dataset
paintersnum
set.seed(123) 
boot_result <- boot(data = paintersnum, statistic = mean_func, R = 1000)

print(boot_result)

validate(boot_result)

sum(is.na(painters))

boot_ci <- boot.ci(boot_result, type = "bca")
print(boot_ci)

得到的警告信息 #

ORDINARY NONPARAMETRIC BOOTSTRAP
Call:
boot(data = paintersnum, statistic = mean_func, R = 1000)
Bootstrap Statistics :
WARNING: All values of t1* are NA

期望的正常结果 #

Bootstrap Statistics :
    original   bias    std. error
t1*   1.5203 0.036974     0.21489

问题原因与解决方法 #

• 核心原因：你的mean_func函数试图提取名为Score的列，但paintersnum（即painters数据集的前4列）中根本不存在这个列。painters数据集的前4列是Composition、Drawing、Colour、Expression，所以data[indices, "Score"]会返回全NA，计算均值后自然也是NA，最终导致所有Bootstrap统计量t1*都为NA。

• 解决方法：修改函数中的列名为paintersnum实际存在的列名即可。比如如果要计算Composition列的均值，修改后的函数如下：

mean_func <- function(data, indices) {
  mean_score <- mean(data[indices, "Composition"])
  return(mean_score)
}

重新运行代码就能得到正常的Bootstrap统计结果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ondřej Matoušek