如何在R Studio中为校准曲线添加3个样本数据点并计算浓度
校准曲线添加样本点及浓度计算方案
步骤1:拟合线性模型并计算样本浓度
先拟合校准曲线的线性模型,再通过模型系数反推样本吸光度对应的浓度(线性模型公式为 Absorbance = a*Concentration + b,因此浓度计算公式为 Concentration = (Absorbance - b)/a)。
完整代码如下:
# 校准曲线数据 BSA <- data.frame( Concentration = c(0.0, 0.2, 0.4, 0.6, 0.8, 1.0), Absorbance = c(0.000, 0.182, 0.159, 0.121, 0.311, 0.352) ) # 待计算的样本数据 values <- data.frame( Sample = c("Control", "Pre-treatment", "Post-treatment"), Absorbance = c(0.008, 0.280, 0.117) ) # 拟合线性回归模型 lm_model <- lm(Absorbance ~ Concentration, data = BSA) # 提取模型系数:a为斜率,b为截距 a <- coef(lm_model)[[2]] b <- coef(lm_model)[[1]] # 计算每个样本对应的浓度 values$Concentration <- (values$Absorbance - b)/a
运行后values数据框会新增Concentration列,即各样本的计算浓度。
步骤2:将样本点添加到校准曲线图表
在原有绘图代码基础上,用points()添加样本点,text()标注样本名称,与校准曲线的点做区分:
# 绘制校准曲线散点图和拟合线 plot(BSA$Concentration, BSA$Absorbance, ylab = "Absorbance of BSA", xlab = "Assay Concentration (mg/ml)", # 修正为常见浓度单位,若实际为ml/mg可改回 las = 1, pch = 16, # 校准点用实心圆 col = "black") abline(lm_model, col = "blue", lwd = 2) # 添加样本点:用不同形状和颜色区分 points(values$Concentration, values$Absorbance, pch = 17, # 用实心三角 col = "red", cex = 1.2) # 添加样本名称标注 text(values$Concentration + 0.03, values$Absorbance, # 偏移位置避免遮挡点 labels = values$Sample, col = "red", cex = 0.8)
补充说明
- 该方案基于吸光度与浓度线性相关的假设,若校准数据线性度差,建议先检查数据合理性
- 样本点的形状、颜色及标注偏移量可根据图表实际范围调整
内容的提问来源于stack exchange,提问作者cvdney
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