如何让R Markdown生成的PDF从第3页开始显示页眉？

你可以通过调整LaTeX命令的执行时机，让页眉从第3页（正文起始页）开始显示，具体修改后的YAML配置如下：

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output: 
  pdf_document:
      latex_engine: xelatex
      toc: true
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')` \clearpage"
header-includes:
  - \usepackage{fancyhdr}
  - \usepackage{etoolbox}
  - \fancyhead[LE,RO]{left header}
  - \fancyhead[RE,LO]{right header}
  # 默认所有页面先使用无页眉页脚的empty样式
  - \AfterEndPreamble{\pagestyle{empty}}
  # 强制目录页保持empty样式
  - \AtBeginDocument{\addtocontents{toc}{\protect\thispagestyle{empty}}}
  # 目录结束后切换为fancy页眉样式
  - \AtBeginDocument{\apptocmd{\tableofcontents}{\clearpage\pagestyle{fancy}}{}{}}
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关键修改说明： #

1. 引入etoolbox宏包：用于修改\tableofcontents命令的行为，实现目录结束后自动切换页眉样式。
2. 默认设置empty样式：通过\AfterEndPreamble{\pagestyle{empty}}让所有页面初始都不显示页眉页脚，覆盖原配置中直接启用fancy的设置。
3. 锁定目录页样式：用\addtocontents{toc}{\protect\thispagestyle{empty}}确保目录页（第2页）保持无页眉状态。
4. 目录后切换样式：借助\apptocmd给\tableofcontents命令追加动作——目录生成完成后执行\clearpage（确保目录单独一页），再切换到fancy样式，这样从第3页（正文页）开始就会显示自定义页眉。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Mathica