R语言fossil包create.matrix函数的时间格式与参数设置问询

我想使用fossil包的create.matrix函数创建包含分类单元、地点、时间和丰度的矩阵。该函数通过time.col（存储时间期的列名/列号）和time（需保留的时间期）参数指定时间。我的数据表中时间为d.m.y格式的日历日期（如31.12.2022），现咨询：

1. 数据表中的时间需如何指定或格式化才能被create.matrix函数识别？
2. time参数中应如何指定时间期？

补充（2024年4月21日）：
我想要创建“物种×（地点×日期）”矩阵，部分地点仅采样一次，部分多次，想将采样日期（数据集中的date列）作为time参数的“时间期”，但不知如下代码中time参数处（????）应如何填写：

df <- create.matrix(dat, tax.name = "taxon_abbrev",
                    locality = "locality_ID",
                    time.col="date",
                    time="????",
                    abund.col = "num",
                    abund = TRUE)

问题解答 #

1. 时间列的格式化要求 #

create.matrix对时间列的格式没有强制的特殊要求，只要它是格式统一的字符型或因子型变量即可。为避免日期解析歧义，建议先将d.m.y格式的字符串转换为R标准日期类型，操作代码如下：

# 读取数据时保留date列为字符型
dat <- read.table("dat.txt", sep = "\t", header = TRUE, stringsAsFactors = FALSE)
# 转换d.m.y格式为R标准日期
dat$date <- as.Date(dat$date, format = "%d.%m.%Y")

如果不需要后续日期运算，直接保留原d.m.y格式的字符列也可以正常被函数识别，前提是所有日期格式完全一致。

2. time参数的填写方式 #

由于你需要将每个采样日期作为独立时间期，有两种可行的设置方式：

方式一：自动保留所有日期（推荐）

直接将time设为NULL，函数会自动提取time.col列中的所有唯一值作为时间期，无需手动指定：

df <- create.matrix(dat, tax.name = "taxon_abbrev",
                    locality = "locality_ID",
                    time.col="date",
                    time=NULL,
                    abund.col = "num",
                    abund = TRUE)

方式二：指定特定日期

如果仅需保留部分日期，可先提取数据中的唯一日期，或直接指定目标日期传入time参数：

# 获取数据中所有唯一日期
unique_dates <- unique(dat$date)
# 也可手动指定需要的日期，例如：
# unique_dates <- as.Date(c("2022-12-31", "2023-01-15"), format = "%Y-%m-%d")

df <- create.matrix(dat, tax.name = "taxon_abbrev",
                    locality = "locality_ID",
                    time.col="date",
                    time=unique_dates,
                    abund.col = "num",
                    abund = TRUE)

注意：如果date列未转换为日期类型，需使用对应字符格式传入，比如c("31.12.2022", "15.01.2023")。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者benjamin jarcuska