ASReml二项分布混合模型预测值为负的问题求助

原因分析 #

你得到的负值是**链接尺度（logit尺度）**的预测结果，而非实际的寄生虫流行率概率。

在logit二项模型中，ASReml默认输出的是线性预测器的值，也就是log(p/(1-p))（其中p为寄生虫存在的概率）。这个值的范围是负无穷到正无穷：当p接近0时，logit值会是负数；p接近1时则为正数。所以出现负值是模型在链接尺度下的正常输出，并非错误，只是没有转换回符合实际意义的概率尺度。

解决方法 #

有两种方式可以得到0-1范围内的概率预测值：

方法1：直接在predict中指定响应尺度 #

修改predict函数，添加type="response"参数，让ASReml直接返回概率尺度的预测结果：

pvp <- predict(nmod11, classify = "Sex + Sample_Period", 
               levels = list(Sex = c("F","M"),
                             Sample_Period = seq(1,12,1)),
               type = "response")

方法2：手动转换链接尺度结果 #

如果已经得到了链接尺度的预测值，可以用logit逆函数将其转换为概率：

# 假设链接尺度的预测值存储在pvp$pvals$predicted列中
pvp$pvals$probability <- exp(pvp$pvals$predicted) / (1 + exp(pvp$pvals$predicted))

转换后的probability列就是符合实际意义的寄生虫流行率概率，取值范围会严格落在0到1之间。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者alex