如何重构含因子出现数据为适配共现网络分析的数据集？

我需要基于因子共现关系重构数据集，用于节点-边形式的网络分析。在我的数据集中，当某ID患者存在对应因子时，该因子变量值为1。

重构规则 #

• 新数据集的变量为原数据所有因子变量的两两组合，变量名以.分隔两个原变量名
• 当两个因子同时存在于某患者时，对应位置填入患者ID；其余位置填0

现有数据结构 #

# 现有数据：唯一ID及各因子的存在标记
id <- c("John", "Cindy", "Laura", "Jeff", "Amy")
bmi_100  <- c(1, 1, 1, 1, 0)
crp_100  <- c(1, 0, 0, 1, 1)
eur <-      c(1, 0, 1, 1, 1)
cdai_rem <- c(1, 1, 0, 1, 0)
df1 <- data.frame(id, bmi_100, crp_100, eur, cdai_rem)
print(df1)

期望的目标数据结构 #

# 目标数据：每对因子共现的患者ID，其余位置填"0"
bmi_100.crp_100  <- c("John", "Jeff", 0, 0, 0)
bmi_100.eur      <- c("John", "Laura", "Jeff", 0, 0)
bmi_100.cdai_rem <- c("John", "Cindy", "Jeff", 0, 0)
crp_100.eur      <- c("John", "Jeff", "Amy", 0, 0)
crp_100.cdai_rem <- c("John", "Jeff", 0, 0, 0)
eur.cdai_rem     <- c("John", "Jeff", 0, 0, 0)
df3 <- data.frame(bmi_100.crp_100, bmi_100.eur, bmi_100.cdai_rem, crp_100.eur, 
crp_100.cdai_rem)
print(df3)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者joejoe9