在R中访问ref_anndata$obs报错：Expected a python object, received a character

在R中使用anndata包读取h5ad文件，执行代码：

ref_anndata <- anndata::read_h5ad("/Fetal_nephron.h5ad")

查看对象时显示已正常加载：

ref_anndata

#> AnnData object with n_obs × n_vars = 10790 × 33694
#> obs: 'Barcode', 'Short_Sample', 'Experiment', 'Gender', 'Age', 'Stage', 'Selection', 'celltype', 'compartment'
#>   var: 'ID'
#>   obsm: 'X_umap

但访问ref_anndata$obs时触发报错：Error: Expected a python object, received a character

• 检查Python环境与anndata依赖
  anndata R包依赖reticulate调用Python版的anndata，先确认当前R会话关联的Python环境已安装anndata：

  library(reticulate)
  # 检查anndata是否可用
  py_module_available("anndata")
  

  如果返回FALSE，需要切换到装有anndata的Python环境，比如：

  # 使用conda环境示例
  use_condaenv("your_conda_env_name", required = TRUE)
  # 或指定Python路径
  use_python("/path/to/python/with/anndata", required = TRUE)
  

  重启R会话后重新加载包并读取文件。

• 使用官方提供的访问函数
  R版anndata的对象不能直接用$obs访问（这是Python的属性访问逻辑），需要用包内置的obs()函数来提取观测数据：

  # 方式1：直接调用函数
  obs_df <- anndata::obs(ref_anndata)
  # 方式2：管道调用
  library(magrittr)
  obs_df <- ref_anndata %>% anndata::obs()
  

• 排查文件完整性
  如果以上方法无效，先在Python中验证h5ad文件本身是否正常：

  import anndata
  adata = anndata.read_h5ad("/Fetal_nephron.h5ad")
  print(adata.obs.head())
  

  若Python中能正常读取，回到R中重点检查reticulate的环境配置；若Python中也报错，说明文件可能损坏，需要重新获取或修复文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sara Perez