如何仅为pheatmap热图非0值着色，将0值保留为白色？

现有如下DataFrame：

gene1 gene2 gene3
leukocyte activation involved in immune response    0     0    0.5
cell activation involved in immune response         0    -1      2
alpha-beta T cell activation                       0.3     1      0
alpha-beta T cell differentiation                   0   -0.8   -0.2
positive regulation of cytokine production         1.7     0     -1
leukocyte differentiation                           0     0      1

需求是仅对非0值着色，0值保留白色。当前使用的代码如下：

my_col <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(101)  

pheatmap(df, 
         cluster_rows = TRUE,  
         cluster_cols = TRUE, 
         fontsize_row = 8,     
         fontsize_col = 8,
         color = my_col)

但该代码会将0值纳入颜色刻度，不符合需求，如何解决？

方法一：将0替换为NA并指定NA颜色 #

这是最直接的实现方式，把0值转为NA后，用na_col参数设置NA显示为白色，颜色刻度会自动忽略NA值（即原0值）：

# 复制数据并替换0为NA
df_na <- df
df_na[df_na == 0] <- NA

# 生成蓝-白-红渐变颜色
my_col <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(101)

# 绘制热图
pheatmap(df_na, 
         cluster_rows = TRUE,  
         cluster_cols = TRUE, 
         fontsize_row = 8,     
         fontsize_col = 8,
         color = my_col,
         na_col = "white")

方法二：自定义颜色断点 #

通过精准设置breaks参数，让0值对应白色，同时颜色刻度仅覆盖非0值的范围：

# 获取非0值的极值
min_nonzero <- min(df[df != 0])
max_nonzero <- max(df[df != 0])

# 生成渐变颜色
my_col <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(101)

# 创建包含0的断点序列
breaks <- seq(min_nonzero, max_nonzero, length.out = 101)
# 确保0在断点中（若原序列未包含）
if (!0 %in% breaks) {
  breaks <- c(breaks[breaks < 0], 0, breaks[breaks > 0])
  my_col <- colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(length(breaks))
}

# 绘制热图
pheatmap(df, 
         cluster_rows = TRUE,  
         cluster_cols = TRUE, 
         fontsize_row = 8,     
         fontsize_col = 8,
         color = my_col,
         breaks = breaks)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jonny jeep