如何基于训练好的rjags HMM模型输出隐藏状态序列?
如何用训练好的JAGS-HMM模型获取隐藏状态序列
我是HMM与JAGS新手,目前遇到一个问题:已经用rjags训练了一个隐马尔可夫模型(HMM),并保存了模型参数的样本结果(共59个参数,样本长度1000,迭代30000次,thinning=30)。模型结构编写正确,且完成了30000次burn-in、30000次采样迭代(thinning=30)的参数更新。
我的需求是基于训练好的模型结构与参数,输出给定测试观测状态序列对应的隐藏状态序列。我有机器学习经验,原本以为加载模型结构与参数后输入测试观测序列就能得到结果,但实际操作发现并非如此。目前没找到相关示例,甚至JAGS文档里也没有相关内容,希望能得到解答。
我的训练代码如下:
# ------------------- model ------------------------# load('./data/try_3_gtx_3d.RData') library(rjags) library(mcmcplots) data_1 <- list(Y = three_dim_smc_data-1, M = dim(team_id_unique_ordered)[1], N = one_dim_sample_count, T = two_dim_sample_length, gp = three_dim_gp_data, sm = three_dim_sm_data) # Y should be 0 and 1 inits_HMM <- list( beta0.p = runif(2, -10, 10)) parameters <- c("beta0", "PAD", "PDA", "bAD", "bDA", "sigmaAD", "sigmaDA", "sigmab", "betagp", "b", "delta0", 'betasm') result <- jags.model("model/longitudinal_model_gp_sm_try1_gtx.txt", data_1, inits_HMM, n.chains = 3, n.adapt = 0) update(result, n.iter = 30000) rsamps_relience_pg_sm_try2 <- coda.samples(result, parameters, n.iter = 30000, thin = 30) save(rsamps_relience_pg_sm_try2, file = './results/rsamps_resilience_pg_sm_try3.RData') mcmcplot(rsamps_relience_pg_sm_try2) summary(rsamps_relience_pg_sm_try1)$statistics[-(c(3 : 317)),] summary(rsamps_relience_pg_sm_try1)$quantiles[-(c(3 : 317)),]
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内容的提问来源于stack exchange,提问作者gtx
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