Git子模块修改后被识别为主仓库文件，如何排查问题？

可能的操作错误 #

• 子模块未被正确初始化/更新，导致主仓库将scr视为普通目录而非子模块。比如克隆主仓库后未执行子模块初始化命令，或误删了scr/.git文件（子模块的.git是指向主仓库.git/modules/scr的文件，而非独立目录）。
• 修改子模块文件后，未在子模块内部提交改动，也未回到主仓库更新子模块的引用，导致主仓库直接追踪到子模块内的文件变化。

修复步骤 #

1. 确保scr被正确识别为子模块 #

在主仓库根目录执行git status，若输出中显示scr (untracked content)，说明子模块状态正常；若显示scr下的具体文件，则需重新初始化子模块：

# 先移除错误的子模块关联
git submodule deinit -f scr
# 重新初始化并更新子模块
git submodule init
git submodule update

2. 正确提交子模块改动并更新主仓库引用 #

• 进入子模块目录提交改动：

cd scr
git add .
git commit -m "提交子模块内的修改"
# 如需推送到子模块远程仓库，执行 git push

• 返回主仓库，提交子模块的最新引用：

cd ..
git add scr
git commit -m "更新scr子模块至最新提交"

完成上述操作后，主仓库的差异将仅显示scr子模块的提交哈希变化，而非子模块内的具体文件改动。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ezk13