是否有R函数可为MDS图中两类聚类/组的点着色？

1. 消除"species scores not available"错误 #

你不需要显示物种得分，绘图时明确指定只绘制位点即可，避免程序尝试加载不存在的物种得分数据。

2. 给指定位点设置不同颜色 #

先给位点分组定义颜色，再用文本形式绘制位点：

完整代码示例 #

# 保留你的原有分析代码
mydistdata <- metaMDS(mydata, autotransform = FALSE)
mydistdata$stress

# 1. 列出需要变色的位点
target_sites <- c("17", "44", "24b", "35", "31b", "43", "26", "30a", "40", "34")

# 2. 生成颜色向量：目标位点用红色，其余用黑色（可自行替换颜色）
site_colors <- ifelse(rownames(mydata) %in% target_sites, "red", "black")

# 3. 绘制仅含位点的自定义图
plot(mydistdata, display = "sites", type = "n")  # 初始化空白绘图区
text(mydistdata, display = "sites", col = site_colors, cex = 1)  # 添加带颜色的文本位点

代码说明 #

• display = "sites"：强制只处理位点数据，彻底避开物种得分相关的错误。
• type = "n"：先创建空白画布，不自动绘制任何元素，方便后续自定义设置。
• text()函数：用文本形式展示位点，通过col参数传入预定义的颜色向量，实现指定位点变色。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Grace