Ubuntu22.04升级R4.4后安装vroom等包编译错误求助

问题详情 #

把Ubuntu22.04上的R升级到4.4版本后，重装R包时多个包都出现编译失败的问题。比如装vroom包时，运行install.packages("vroom")会得到以下错误：

cc1plus: some warnings being treated as errors
make: *** [/usr/lib/R/etc/Makeconf:202 : delimited_index.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘vroom’
* removing ‘/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.4/vroom’

对应的警告信息示例如下：

/usr/lib/R/site-library/cpp11/include/cpp11/protect.hpp:337:42: warning: format ‘%x’ expects argument of type ‘unsigned int’, but argument 5 has type ‘SEXP’ {aka ‘SEXPREC*’} [-Wformat=]
  337 |       REprintf("%x CAR: %x CDR: %x TAG: %x\n", head, CAR(head), CDR(head), TAG(head));
      |                                         ~^                                 ~~~~~~~~~
      |                                          |                                    |
      |                                          unsigned int                         SEXP {aka SEXPREC*}

所有警告的格式都一样，只是protect.hpp后面的行号不同，参数2到5都存在这种类型的警告。之前试过重装Rcpp包，没用。

解决步骤（无需回退到R4.3） #

• 临时关闭警告转错误：在安装包前，先在R里设置编译选项，让编译器不把警告当成错误处理：

  Sys.setenv(CXXFLAGS = "-Wno-error=format")
  install.packages("vroom")
  

  这个设置只在当前R会话生效，安装完包后会自动恢复默认规则。

• 更新cpp11包：问题根源是旧版本cpp11和R4.4不兼容，先更新cpp11再装目标包：

  # 如果更新cpp11时也报错，先执行上面的Sys.setenv命令
  install.packages("cpp11")
  install.packages("vroom")
  

• 检查系统编译器版本：Ubuntu22.04默认的gcc-11完全适配R4.4，如果你手动换过编译器版本，切回默认版本试试：

  sudo update-alternatives --config gcc
  sudo update-alternatives --config g++
  

• 清理旧包缓存后重装：删除残留的旧包文件，再重新安装：

  remove.packages(c("cpp11", "vroom"))
  # 清理下载缓存
  unlink(file.path(Sys.getenv("HOME"), ".cache", "R", "pkgdownload"), recursive = TRUE)
  install.packages("cpp11")
  install.packages("vroom")
  

原因说明 #

R4.4默认开启了-Werror=format编译选项，会把格式匹配类的警告直接转为错误。而旧版本的cpp11包代码里存在格式字符串和参数类型不匹配的问题，触发了这些警告，最终导致编译失败。更新cpp11到最新版本就能从根源解决这个问题，临时关闭警告转错误是应急的快速解决办法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alaiis