Windows11虚拟环境中Pip无法找到Boost，安装vina失败如何解决？

问题回顾 #

在Windows的Conda虚拟环境中执行pip install vina时，出现报错：

error: subprocess-exited-with-error
× Getting requirements to build wheel did not run successfully.
│ exit code: 1
╰─> [63 lines of output]
fatal: not a git repository (or any of the parent directories): .git
Version found 1.2.5 (from init.py)
running egg_info
creating vina.egg-info
writing vina.egg-info\PKG-INFO
writing dependency_links to vina.egg-info\dependency_links.txt
writing requirements to vina.egg-info\requires.txt
writing top-level names to vina.egg-info\top_level.txt
writing manifest file 'vina.egg-info\SOURCES.txt'
Boost library is not installed in this conda environment.

已通过mamba install -c conda-forge numpy swig boost-cpp sphinx sphinx_rtd_theme安装依赖，且系统已安装boost_1_82并添加至PATH，但johnnydep vina仍提示Boost library location was not found!。

解决方案 #

方案1：直接安装Conda预编译包（推荐）

Conda-Forge提供了预编译好的vina包，无需手动处理编译依赖，直接执行：

conda activate your_env_name
mamba install -c conda-forge vina

此方法完全避开编译环节，是Windows环境下最省心的方案。

方案2：手动指定Boost环境变量后用pip安装

如果必须用pip安装，需要明确告诉编译脚本Conda环境中Boost的位置：

1. 激活你的Conda虚拟环境：

   conda activate your_env_name
   

2. 设置Boost相关环境变量（Conda环境中boost-cpp默认安装在%CONDA_PREFIX%\Library下）：

   set BOOST_INCLUDEDIR=%CONDA_PREFIX%\Library\include
   set BOOST_LIBRARYDIR=%CONDA_PREFIX%\Library\lib
   

3. 执行pip安装：

   pip install vina
   

方案3：修改vina源码的setup.py适配Windows路径

如果上述方案无效，可手动调整vina的编译检测逻辑：

1. 下载vina源码：

   git clone https://github.com/ccsb-scripps/AutoDock-Vina.git
   cd AutoDock-Vina
   

2. 编辑setup.py，找到检测Boost的代码段，替换为以下内容（强制使用Conda环境的Boost路径）：

   import os
   # 优先从环境变量取，否则用Conda默认路径
   boost_include_dir = os.environ.get('BOOST_INCLUDEDIR', os.path.join(os.environ['CONDA_PREFIX'], 'Library', 'include'))
   boost_lib_dir = os.environ.get('BOOST_LIBRARYDIR', os.path.join(os.environ['CONDA_PREFIX'], 'Library', 'lib'))
   
   # 后续编译时直接使用上述路径
   

3. 在激活环境后执行本地安装：

   pip install .
   

问题原因 #

Windows下pip安装vina需要本地编译，但vina的官方setup脚本对Conda环境的Boost路径识别逻辑不完善——Conda环境中的boost-cpp安装在%CONDA_PREFIX%\Library下，而脚本默认会去系统标准路径查找，导致找不到依赖。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Karls