如何消除Doxygen生成的md__mark_down_files_2*冗余HTML文件？

问题原因 #

你遇到的冗余md__mark_down_files_2*.html文件，是因为Doxygen同时执行了两份解析逻辑：

1. 解析Markdown文件中Doxygen命令（如\mainpage、\page）生成结构化文档页面；
2. 将整个Markdown文件当作独立的普通Markdown文档，额外渲染一份页面。

可行解决方法 #

方法1：修改文件扩展名（最直接有效） #

将所有包含Doxygen命令的Markdown文件扩展名从.md改为.dox，Doxygen默认会将.dox文件视为纯注释命令文件，仅解析其中的Doxygen指令和注释内的Markdown内容，不会生成冗余页面。

步骤：

1. 重命名文件：Mainpage.md → Mainpage.dox，SubpageFirstL1.md → SubpageFirstL1.dox，以此类推。
2. 更新Doxyfile配置：

   # 指定仅处理.dox文件
   FILE_PATTERNS          = *.dox
   # 保持INPUT路径不变
   INPUT                  = ./MarkDownFiles
   

方法2：将所有内容包裹在Doxygen注释块内（无需改扩展名） #

如果不想修改文件扩展名，确保Markdown文件的全部内容都放在Doxygen的注释块中，避免Doxygen将文件本身当作独立页面解析。

以Mainpage.md为例，修改后内容：

/**
\mainpage MainPage

Some general info.

This manual is divided in the following sections:
- \subpage SubpageFirstL1
- \subpage SubpageSecondL1 "Subpage Second L1"
*/

其他子页面文件同理，将所有文字、Markdown格式内容都放入/** ... */或/*! ... */注释块内。

同时在Doxyfile中添加：

# 剥离Markdown文件头部的非注释内容（如果有）
MARKDOWN_STRIP_FROM_HEADER = YES

方法3：调整MARKDOWN_ID_STYLE配置 #

尝试将MARKDOWN_ID_STYLE从DOXYGEN改为GITHUB，部分场景下可避免重复生成页面：

MARKDOWN_ID_STYLE      = GITHUB

验证方法 #

修改配置或文件后，删除原输出目录下的html文件夹，重新运行Doxygen，检查生成的HTML文件是否不再出现md__前缀的冗余文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Michael H