如何消除Git子模块的gitdir引用，使子模块独立存储.git目录？

Git默认在克隆包含子模块的仓库时，会将子模块的Git元数据统一存放在父仓库的.git/modules目录下，子模块目录中仅保留指向该目录的.git指针文件。如果你需要子模块目录下保留完整的.git目录（方便卷映射等场景），可以通过以下两种自动化方式实现：

方法一：自定义克隆脚本替代默认克隆流程 #

直接编写脚本完成「克隆主仓库 + 独立克隆子模块到指定目录」的流程，这样子模块会以独立Git仓库的形式存在，自带完整.git目录：

#!/bin/bash
# 配置主仓库地址和克隆目录
MAIN_REPO_URL="你的主仓库Git地址"
CLONE_DIR="main_repo"

# 克隆主仓库，不自动初始化子模块
git clone "$MAIN_REPO_URL" "$CLONE_DIR"
cd "$CLONE_DIR"

# 读取.gitmodules中的子模块配置，逐个处理
git config --file .gitmodules --get-regexp '^submodule\..*\.path$' | while read -r key path; do
    # 提取子模块名称、URL和主仓库中记录的提交哈希
    name=$(echo "$key" | sed 's/submodule\.\(.*\)\.path/\1/')
    url=$(git config --file .gitmodules --get "submodule.$name.url")
    commit=$(git ls-tree HEAD "$path" | awk '{print $3}')

    # 创建子模块目录（若不存在）并进入
    mkdir -p "$path"
    cd "$path"

    # 独立克隆子模块到当前目录，并切换到主仓库指定的提交版本
    git clone "$url" .
    git checkout "$commit"

    # 返回主仓库目录，继续处理下一个子模块
    cd ../
done

使用时只需替换MAIN_REPO_URL为你的主仓库地址，运行脚本即可得到带有完整.git目录的子模块结构。

方法二：利用Git钩子自动修复子模块结构 #

如果已经用默认方式克隆了主仓库，可以通过post-checkout钩子在克隆或分支切换后，自动将子模块的Git元数据从父仓库的.git/modules迁移到子模块目录下：

1. 在主仓库中创建钩子脚本.githooks/post-checkout（该目录可加入版本控制）：

#!/bin/bash
# 遍历所有子模块，检查并修复.git指针问题
git submodule foreach --recursive '
    if grep -q "gitdir:" .git; then
        # 读取指针指向的Git元数据目录
        GITDIR=$(cat .git | awk "{print \$2}")
        # 将元数据目录移动到子模块本地
        mv "$GITDIR" .git
        # 删除原指针文件
        rm .git
        # 重置子模块的工作树配置（确保Git识别当前目录为工作区）
        git config --local core.worktree "."
    fi
'

2. 编写初始化脚本，配置Git使用自定义钩子目录并赋予执行权限：

#!/bin/bash
# 配置Git使用自定义钩子目录
git config core.hooksPath .githooks
# 给钩子脚本添加执行权限
chmod +x .githooks/post-checkout

将上述两个脚本加入主仓库的版本控制，其他用户克隆主仓库后，只需运行初始化脚本，后续每次克隆、切换分支时，钩子都会自动处理子模块的结构问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Vaso