R语言GHap包ghap.anctrain函数aggregate报错求助

问题根源：R 4.3.0及以上版本对aggregate.formula函数的参数做了变更——原formula参数被重命名为x，但GHap 3.0.0的ghap.anctrain函数仍在使用旧参数名，导致触发报错。

以下是几种可行的解决办法：

• 临时修改函数代码（最快生效）
  直接修改ghap.anctrain里调用aggregate.formula的参数：

  1. 在R控制台输入：fix(ghap.anctrain)，打开函数代码编辑器
  2. 找到包含aggregate.formula(formula = geno ~ pop, data = dfp, FUN = mean)的行
  3. 把formula = geno ~ pop替换成x = geno ~ pop
  4. 保存修改后关闭编辑器，重新运行你的分析代码即可

  如果你不想修改包的源文件，也可以用trace函数临时替换：

  trace(ghap.anctrain, edit = TRUE)
  # 找到对应的行修改参数后保存
  

• 降级R版本
  把R版本降到4.2.x及以下，这个版本的aggregate.formula仍支持formula参数，和GHap 3.0.0完全兼容，不需要修改任何代码。

• 等待官方包更新
  可以向GHap包的维护者提交问题反馈，提醒他们适配R 4.3.x的参数变更，等官方发布更新版本后，重新安装最新版GHap即可解决问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nandhini P.B