使用fviz_pca_ind绘制PCA图时点大小不一的原因探究

你看到的点大小差异，是因为fviz_pca_ind默认会根据**个体在主成分上的平方余弦值（cos2）**来调整点的大小——cos2越高，说明该个体的信息被主成分解释得越充分，点就越大。你查看的那段源码只是处理固定大小赋值的分支，而默认逻辑里，当你没有手动指定pointsize参数时，函数会自动把点大小和cos2关联起来。

要让所有点大小一致，只需要在函数里手动指定固定的pointsize值即可，修改后的代码如下：

library(FactoMineR)
library(factoextra)
pca.res <- PCA(iris[, 1:3])
fviz_pca_ind(pca.res, 
             geom.ind='point', 
             col.ind=iris$Species, 
             addEllipses=TRUE, 
             palette='lancet',
             pointsize = 1.5) # 固定所有点的大小

如果想保留基于贡献度的大小显示，但想调整大小范围，可以用scale参数配合自定义范围，比如：

pointsize = scale(pca.res$ind$cos2[,1], center=FALSE, scale=range(1,3))

不过这种场景比较少见，大部分时候直接固定大小就能解决问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者StringAech