如何为TraMineR中的子序列设置最小转换次数阈值？

问题描述 #

我正在使用TraMineR分析一项30分钟试验中的状态转换情况，全程共108000帧，包含10种状态及缺失值。当前提取出的子序列包含仅1次转换的情况，这对我的分析并无帮助。我已知可设置子序列的最大长度，请问是否可以设置子序列所需的最小转换次数？

附带的R代码：

# 定义STS对象
seq.d <- seqdef(seq, informat="STS", stsep=NULL,
   alphabet=alph, states=bet, weights=NULL, 
   left=NA, right="DEL", void="%", nr="*",
   cnames=NULL, xtstep=1, tick.last=FALSE, cpal=NULL, 
   missing.color="darkgrey", labels=NULL)
# 创建seqelist对象 
seq.e <- seqecreate(data=seq.d, id=NULL, timestamp=NULL,
                event=NULL, end.event=NULL, tevent="transition", use.labels = TRUE,
                weighted = NULL)
# 按频率排序的子序列
seq.s <- seqefsub(seq.e, pmin.support = 0.10, constraint=seqeconstraint(max.gap = 30,
window.size = 300, age.min = -1, age.max = -1,age.max.end = -1, count.method = "CDIST"), max.k = 10)

解决方案 #

TraMineR的seqefsub函数没有直接设置最小转换次数的参数，但可以通过两种方式实现目标筛选：

方法1：基于子序列长度间接控制 #

子序列的转换次数等于其包含的状态数减1。比如要保留至少2次转换的子序列，就需要子序列包含至少3个状态（转换次数=3-1=2）。可以在seqeconstraint中通过min.k参数设置最小状态数：

# 约束子序列至少包含3个状态（对应至少2次转换）
constraint <- seqeconstraint(max.gap = 30, window.size = 300,
                            min.k = 3)
seq.s <- seqefsub(seq.e, pmin.support = 0.10, constraint = constraint, max.k = 10)

方法2：提取后过滤结果 #

如果需要更灵活的筛选逻辑，可以先提取所有符合支持度要求的子序列，再根据转换次数过滤：

# 先提取所有符合条件的子序列
seq.s <- seqefsub(seq.e, pmin.support = 0.10, constraint=seqeconstraint(max.gap = 30,
window.size = 300, age.min = -1, age.max = -1,age.max.end = -1, count.method = "CDIST"), max.k = 10)

# 计算转换次数（状态数-1），过滤出至少2次转换的子序列
filtered_seq.s <- seq.s[seqeL(seq.s) - 1 >= 2]

其中seqeL(seq.s)会返回每个子序列的状态数量，减去1即为对应的转换次数，据此即可完成筛选。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Becca Trapp