R中caret::bagFDA()调用caret::varImp()报错：找不到函数'.'

问题原因 #

报错Error in .(var) : could not find function "."是因为caret针对bagFDA模型实现的变量重要性计算逻辑依赖于plyr包的.函数，但你的环境中要么未加载plyr，要么加载的tidyverse（含dplyr）覆盖了plyr的.函数，导致R无法找到正确的函数版本。

解决方案 #

直接加载plyr包即可解决该问题，修正后的代码如下：

library(tidyverse)
library(caret)
library(mda)
library(earth)
library(plyr) # 新增加载plyr包

# 获取数据
data(iris)

# 训练bagFDA模型
bagFDA_multivariate <- caret::bagFDA(as.factor(Species) ~ ., data = iris)

# 计算变量重要性
caret::varImp(bagFDA_multivariate)

运行结果 #

执行后会输出各变量的重要性评分：

bagFDA variable importance

           Overall
Petal.Length 100.00
Petal.Width   99.74
Sepal.Length  14.63
Sepal.Width    5.34

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rodrigo Nehara