使用公式形式调用wilcox.test并设置paired=TRUE时报错问题

我有几段曾正常运行的代码片段，如今却报错。为验证并非误记，我搜索了模板示例，例如STHDA网站上的代码：

before <-c(200.1, 190.9, 192.7, 213, 241.4, 196.9, 172.2, 185.5, 205.2, 193.7)
after <-c(392.9, 393.2, 345.1, 393, 434, 427.9, 422, 383.9, 392.3, 352.2)
my_data <- data.frame( 
                group = rep(c("before", "after"), each = 10),
                weight = c(before,  after)
                )

# 此调用正常运行：
wilcox.test(before, after, paired = TRUE)

# 此调用也正常：
wilcox.test(weight ~ group, data = my_data)

# 但此调用报错：
wilcox.test(weight ~ group, data = my_data, paired = TRUE)

报错信息：

Error in wilcox.test.formula(weight ~ group, data = my_data, paired = TRUE) : 
  cannot use 'paired' in formula method

我使用的是最新版R（4.4.0），通过CLI运行。目前无法测试旧版本，但找到大量同类教程，故确认并非误记。请问问题出在哪里？

问题原因与解决办法 #

• 核心原因：wilcox.test的公式方法（对应底层函数wilcox.test.formula）从设计上就不支持paired参数，这个限制并非R 4.4.0新增，而是该方法的固有规则。公式方法默认用于独立样本的两组比较，无法通过公式结构传递样本的配对关系，因此禁用了该参数。
• 关于教程中的矛盾写法：部分早期教程可能存在示例疏漏，或是作者混淆了向量输入与公式输入的参数规则，导致出现不符合函数设计的写法。
• 解决办法：
  1. 继续使用向量输入的配对检验写法：wilcox.test(before, after, paired = TRUE)，这是配对Wilcoxon检验的标准调用方式，能准确传递配对样本的对应关系。
  2. 若坚持使用数据框，可先将数据转换为宽格式（每个样本的before和after作为两列），再用向量调用；或使用专门处理配对设计的函数逻辑，避免在公式方法中强行添加paired参数。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者setseed13