如何统计从访视1到访视2的状态转移次数并生成转移计数数据框？

针对你提供的随访数据集，这里给出生成访视1到访视2状态转移次数矩阵的具体步骤：

1. 构建并整理数据 #

先把原始向量组合成数据框，然后筛选出访视1和访视2的记录，将数据转为宽格式，让每个患者的两次访视状态在同一行：

# 创建原始数据框
df <- data.frame(
  ID = c(1,1,1,2,2,2,3,3,3),
  Visit = c(1,2,3,1,2,3,1,2,3),
  State = c(2,1,1,3,2,1,2,3,1)
)

# 加载tidyr包处理数据格式
library(tidyr)
# 筛选访视1、2的记录，转宽格式
trans_data <- df %>%
  filter(Visit %in% c(1,2)) %>%
  pivot_wider(names_from = Visit, values_from = State, names_prefix = "Visit")

2. 生成转移次数矩阵 #

用table()函数统计两次访视状态的交叉频数，再转为数据框格式，明确行列代表的含义：

# 统计转移次数
trans_table <- table(trans_data$Visit1, trans_data$Visit2)

# 转换为数据框并设置清晰的行列名
trans_df <- as.data.frame.matrix(trans_table)
colnames(trans_df) <- paste0("到状态", colnames(trans_df))
rownames(trans_df) <- paste0("从状态", rownames(trans_df))

最终结果 #

运行代码后得到的trans_df就是所需的转移次数统计数据框，结果如下：

到状态1 到状态2 到状态3
从状态2      1      0      1
从状态3      0      1      0

其中行对应访视1的状态，列对应访视2的状态，对角线位置的数值代表未发生状态转移的患者计数（此示例中没有患者在两次访视间保持状态不变，因此对角线均为0）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jenn0804