如何在sommer包中实现lme4包指定的含相关随机效应的等价模型？

可以在sommer包中指定和lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), data = sleepstudy)完全等价的模型，关键是使用us()函数定义无结构协方差矩阵，让随机截距和斜率的效应之间保留相关性。

具体实现代码 #

library(sommer)
# 等价于lme4中带相关随机截距和斜率的模型
model_eq <- mmer(
  Reaction ~ Days,
  random = ~ us(1 + Days, Subject),
  data = sleepstudy,
  tolParInv = 1e-6,
  verbose = FALSE
)

说明 #

• us(1 + Days, Subject)表示为Subject分组定义一个无结构的随机效应协方差矩阵，其中1对应随机截距，Days对应随机斜率，两者的协方差会被估计，和lme4中(Days | Subject)的协方差结构完全一致。
• 而之前用~ Subject + vsr(Days, Subject)的写法，是将截距和斜率拆分为两个独立的随机效应组，对应lme4中(0 | Subject) + (0 + Days | Subject)的无相关结构，这和目标模型的协方差结构不同。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Patrick