使用ProDy处理PDB衍生npz文件时，导入多numpy数组变量仅获取最后一个数组的问题及多变量存储需求

我明白你的问题啦——你在循环里生成了两个不同的xyzfile数组，但因为每次循环都覆盖了同一个变量，所以最后导入的时候只能拿到最后一个处理完的结果。下面给你几个解决办法，按需选择：

方法1：用列表存储所有生成的数组 #

这样可以把每个文件对应的数组都存起来，之后可以单独访问或者批量处理。修改你的循环代码：

import os
import numpy as np

os.chdir("pocket_files")
files = os.listdir()
# 初始化一个空列表来存所有数组
xyz_files_list = []

for i in files:
    var = np.load(i)
    coord = var['coordinates'].reshape(-1, 3)
    # 生成半径列
    radii = np.expand_dims(np.repeat([1.5], len(coord)), axis=1)
    xyzfile = np.concatenate((coord, radii), axis=1)
    print(xyzfile.shape)
    # 把当前数组添加到列表里
    xyz_files_list.append(xyzfile)

之后如果要在其他文件里使用，就导入这个列表：

from xyzrfile import xyz_files_list
# 第一个文件的数组
print(xyz_files_list[0].shape)  # 输出 (618, 4)
# 第二个文件的数组
print(xyz_files_list[1].shape)  # 输出 (1527, 4)

方法2：直接在循环里生成独立的输出文件（更推荐） #

既然你最终要为每个数组生成独立文件，不如直接在处理的时候就保存，这样不用依赖变量存储，更直观也不容易出错：

import os
import numpy as np

os.chdir("pocket_files")
files = os.listdir()

for i in files:
    var = np.load(i)
    coord = var['coordinates'].reshape(-1, 3)
    radii = np.expand_dims(np.repeat([1.5], len(coord)), axis=1)
    xyzfile = np.concatenate((coord, radii), axis=1)
    # 生成对应的输出文件名，比如把原文件名的.npz改成_xyzr.npz
    output_filename = os.path.splitext(i)[0] + "_xyzr.npz"
    # 保存数组到文件
    np.savez(output_filename, xyz_data=xyzfile)
    print(f"已保存文件：{output_filename}，形状：{xyzfile.shape}")

这样处理完之后，你会在pocket_files目录下得到1b7fH.ag_xyzr.npz和1asyH.ag_xyzr.npz两个文件，之后需要使用的时候直接加载对应的文件即可：

# 加载第一个文件
data1 = np.load("pocket_files/1b7fH.ag_xyzr.npz")
print(data1['xyz_data'].shape)  # (618, 4)
# 加载第二个文件
data2 = np.load("pocket_files/1asyH.ag_xyzr.npz")
print(data2['xyz_data'].shape)  # (1527, 4)

为什么原来的代码只拿到最后一个数组？ #

因为在循环中，每次执行xyzfile = np.concatenate(...)都会把同一个变量重新赋值，覆盖之前的内容。循环结束后，xyzfile自然只保留最后一次循环的结果，这是Python变量赋值的正常行为哦。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者User240326