无法修改Rprofile.site，如何修改libPaths()并写入配置文件？

一、搞定Rprofile.site的写入权限问题 #

Rprofile.site默认存放在系统级目录，普通权限打开只能读，得用管理员权限操作：

• Windows：右键点VIM（或命令提示符），选以管理员身份运行，再打开文件。路径一般是C:\Program Files\R\R-x.x.x\etc\Rprofile.site（把x.x.x换成你的R版本号）
• Linux/macOS：终端里用sudo启动VIM，命令是sudo vim /usr/lib/R/etc/Rprofile.site。不确定路径的话，打开R输入R.home("etc")就能看到准确位置

二、修改libPaths()设置默认包安装路径 #

拿到写入权限后，在Rprofile.site里加这段代码（替换成你的目标路径）：

# 自定义默认包安装路径
.libPaths(c("C:/path/to/R_Directory/library", .libPaths()))

• 把C:/path/to/R_Directory/library换成你实际想用来存包的文件夹路径
• 这段代码会把自定义路径放到R默认库列表的最前面，之后用install.packages()不用加lib参数，包会自动装到这个路径

三、不想碰系统文件？用用户级.Rprofile替代 #

如果不想修改系统级的配置文件，直接在自己的用户目录下创建/编辑.Rprofile文件就行：

• Windows：路径是C:\Users\你的用户名\.Rprofile
• Linux/macOS：路径是~/.Rprofile
  同样把上面的.libPaths()代码加进去，这个文件只对你当前用户生效，不需要管理员权限

验证是否生效 #

打开R或RStudio，输入.libPaths()，看输出的第一个路径是不是你设置的自定义路径。之后直接跑install.packages("ComplexHeatmap")，不用指定lib参数，包就会装到你想要的地方了

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Luigi