安装R包treeclim时出现'Error in if (nzchar(cxx))'错误的解决方法

错误根源 #

编译过程中出现的make: *** /Users/user/.R/Makevars: Is a directory. Stop.是核心问题——R编译源码包时，默认读取~/.R/Makevars作为编译配置文件，但该路径被意外创建成了目录，导致make命令无法解析配置，进而触发后续的Error in if (nzchar(cxx)) { : argument is of length zero变量错误。

解决步骤 #

• 1. 删除错误的Makevars目录
  打开终端执行以下命令，彻底删除误创建的目录：

  rm -rf ~/.R/Makevars
  

• 2. 创建适配M1芯片的Makevars配置文件
  终端执行命令创建并编辑配置文件：

  nano ~/.R/Makevars
  

  将以下适配arm64架构的编译配置粘贴到文件中：

  CC=clang
  CXX=clang++
  CFLAGS=-arch arm64 -O3 -Wall -pedantic
  CXXFLAGS=-arch arm64 -O3 -Wall -pedantic
  LDFLAGS=-arch arm64
  

  按Ctrl+O保存修改，Ctrl+X退出编辑器。

• 3. 重新安装treeclim包
  回到RStudio，重新运行安装命令：

  install.packages("~/Desktop/treeclim_2.0.6.0.tar", repos = NULL, type = "source", dependencies = TRUE)
  

额外注意事项 #

如果之前未安装Xcode命令行工具，需先执行以下命令安装（编译源码包必需）：

xcode-select --install

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ormbtnk