如何在R语言物种共现矩阵中修改物种名称字体大小

以下针对不同常用绘图包，给出直接有效的修改方案：

1. 使用pheatmap包 #

直接在pheatmap()函数中指定行/列名称的字体大小参数，若之前未生效，检查是否有树形图高度挤压名称空间：

library(pheatmap)
# 构造示例共现矩阵
co_occur_matrix <- matrix(rnorm(100), nrow = 10, 
                          dimnames = list(paste0("Species_", 1:10), paste0("Species_", 1:10)))
# 设置字体大小，同时调整树形图高度避免挤压
pheatmap(co_occur_matrix, 
         fontsize_row = 8,  # 行名称（物种名）字体大小
         fontsize_col = 8,  # 列名称（物种名）字体大小
         treeheight_row = 10,  # 缩小行树形图高度
         treeheight_col = 10)  # 缩小列树形图高度

2. 使用ComplexHeatmap包 #

通过row_names_gp和column_names_gp参数，结合grid包的gpar()设置字体属性：

library(ComplexHeatmap)
library(grid)
# 示例共现矩阵
co_occur_matrix <- matrix(rnorm(100), nrow = 10, 
                          dimnames = list(paste0("Species_", 1:10), paste0("Species_", 1:10)))
# 设置字体大小，支持旋转过长名称
Heatmap(co_occur_matrix, 
        row_names_gp = gpar(fontsize = 8), 
        column_names_gp = gpar(fontsize = 8),
        column_names_rot = 45)  # 列名称旋转45度避免重叠

3. 使用ggplot2绘制热图 #

转换矩阵为长格式后，通过theme()修改轴文本大小：

library(ggplot2)
library(reshape2)
# 矩阵转长格式
co_occur_df <- melt(co_occur_matrix)
# 绘图并设置轴文本（物种名）大小
ggplot(co_occur_df, aes(Var2, Var1, fill = value)) +
  geom_tile() +
  theme(axis.text.x = element_text(size = 8, angle = 45, hjust = 1),
        axis.text.y = element_text(size = 8))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者li ranran