R中ggplot导出PDF时geom_ribbon被细线连接的问题求助

以下是几个可行的解决思路：

1. 给分组数据添加分隔用的NA行 #

在每个独立的name-id分组末尾添加一行NA，明确让ggplot断开不同ribbon的绘制路径，避免PDF渲染时出现跨组连线：

library(dplyr)

# 为每个分组添加分隔NA
b_sep <- b %>%
  group_by(id, name) %>%
  mutate(row = row_number()) %>%
  bind_rows(b %>%
              group_by(id, name) %>%
              slice(1) %>%
              mutate(across(everything(), ~NA))) %>%
  arrange(id, name, row) %>%
  select(-row)

# 使用处理后的数据绘图
ggplot(data = b_sep,
       aes(x = time, y = fitted)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = cf_lwr, ymax = cf_upr, fill = "red", group = name), na.rm = TRUE) + 
  facet_wrap(~id) -> test

ggsave(test, filename = "Test1.pdf")

2. 使用Cairo PDF设备渲染 #

换用cairo_pdf设备导出PDF，其渲染引擎对矢量路径的处理更严谨，能避免这类伪连线问题：

ggsave(test, filename = "Test1.pdf", device = cairo_pdf)

3. 确保数据按分组和时间严格排序 #

如果数据存在乱序，可能导致ggplot绘制时出现异常路径，先对数据排序再绘图：

b_sorted <- b %>%
  arrange(id, name, time)

ggplot(data = b_sorted,
       aes(x = time, y = fitted)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = cf_lwr, ymax = cf_upr, fill = "red", group = name), na.rm = TRUE) + 
  facet_wrap(~id)

问题原因说明 #

PNG是位图格式，渲染时会自动掩盖这类极细的跨组连线；而PDF是矢量格式，当不同分组的点在数据序列中连续排列时，部分PDF渲染引擎会错误地在组间绘制极细的连接线。通过添加NA分隔或更换渲染设备，可以从根源上解决这个问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Moritz Schwarz