如何让snakefmt跳过Snakefile中的指定行？

你的报错是因为把# fmt: skip直接跟在Jinja模板标签后，导致snakefmt依赖的black无法解析这行的语法结构。可以通过以下两种方式解决：

• 忽略整块内容：在需要跳过的Jinja控制块前后分别添加# fmt: skip和# fmt: on注释，让snakefmt跳过中间所有内容：

  # fmt: skip
  {% if cookiecutter.include_r %}
  # 此处为不需要格式化的代码内容
  {% endif %}
  # fmt: on
  

• 忽略单行内容：将# fmt: skip用空格分隔后放在Jinja标签的末尾，保证语法合法：

  {% if cookiecutter.include_r %}  # fmt: skip
  

原因说明：snakefmt基于black实现格式化，而black对语法格式有严格要求，Jinja标签与注释必须正确分隔，否则会被判定为无效Python语法抛出错误。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sjdh