R odbc无法找到已存在的Oracle驱动的问题排查求助

问题初始现象 #

在RStudio及sudo运行的R中执行以下代码时报错：

> odbc::dbConnect(odbc::odbc(), driver = "/opt/oracle/instantclient_23_4/libsqora.so.23.1")
Error: nanodbc/nanodbc.cpp:1138: 00000
[unixODBC][Driver Manager]Can't open lib '/opt/oracle/instantclient_23_4/libsqora.so.23.1' : file not found 

使用isql连接DSN时返回：

[28000][unixODBC][Oracle][ODBC][Ora]ORA-01017: invalid username/password; logon denied

初步怀疑问题出在R的odbc包上。

环境信息 #

• R会话信息：

R version 4.4.0 (2024-04-24)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Ubuntu 22.04.4 LTS

other attached packages:
[1] odbc_1.4.2 DBI_1.2.2 

• libsqora权限设置为777：

ls -l /opt/oracle/instantclient_23_4/libsqora.so.23.1
-rwxrwxrwx 1 rdpdp rdpdp 802848 Apr 25 01:38 /opt/oracle/instantclient_23_4/libsqora.so.23.1

• unixODBC版本：

odbcinst --version
unixODBC 2.3.9

诊断过程（编辑补充） #

通过system命令诊断，终端运行R后执行system("isql -v test asdf asdf")返回：

[01000][unixODBC][Driver Manager]Can't open lib '/opt/oracle/instantclient_23_4/libsqora.so.23.1' : file not found
[ISQL]ERROR: Could not SQLConnect

用ldd检查依赖发现两个库未找到：

system('ldd /opt/oracle/instantclient_23_4/libsqora.so.23.1')
    linux-vdso.so.1 (0x00007fff1a9bc000)
    /opt/datadog/apm/inject/launcher.preload.so (0x0000798d847fb000)
    libdl.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x0000798d847f6000)
    libm.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x0000798d8470f000)
    libpthread.so.0 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x0000798d8470a000)
    librt.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x0000798d84705000)
    libaio.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libaio.so.1 (0x0000798d846fe000)
    libresolv.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libresolv.so.2 (0x0000798d846ea000)
    libclntsh.so.23.1 => not found
    libclntshcore.so.23.1 => not found
    libodbcinst.so.2 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libodbcinst.so.2 (0x0000798d846c1000)
    libc.so.6 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x0000798d84400000)
    /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000798d848be000)
    libltdl.so.7 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libltdl.so.7 (0x0000798d846b4000)

原因是LD_LIBRARY_PATH未包含Oracle客户端目录：

system("echo $LD_LIBRARY_PATH")
/usr/lib/R/lib:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/jvm/default-java/lib/server

执行Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH="/opt/oracle/instantclient_23_4")后，system("isql -v test asdf asdf")返回：

[28000][unixODBC][Oracle][ODBC][Ora]ORA-01017: invalid username/password; logon denied

[ISQL]ERROR: Could not SQLConnect

说明R的shell环境依赖问题已解决，但odbc包仍无法连接，怀疑是odbc识别的LD_LIBRARY_PATH存在问题。

后续排查（2024年5月20日补充） #

发现system("isql -v ...")必须将Oracle客户端目录放在LD_LIBRARY_PATH首位才能正常运行：

Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH=paste0("/opt/oracle/instantclient_23_4", ':', '/lib64/', ':', Sys.getenv('LD_LIBRARY_PATH')))

而将Oracle目录追加到路径末尾则无效：

Sys.setenv(LD_LIBRARY_PATH=paste0(Sys.getenv('LD_LIBRARY_PATH'), ':', "/opt/oracle/instantclient_23_4", ':', '/lib64/'))

尝试重新编译安装odbc包：

withr::with_makevars(c(PKG_LIBS="-L/opt/oracle/instantclient_23_4/ -L/lib64/"), install.packages("odbc"), assignment="+")

但无效果。手动加载依赖库后出现新错误：

dyn.load("/opt/oracle/instantclient_23_4/libclntsh.so.23.1")
dyn.load("/opt/oracle/instantclient_23_4/libclntshcore.so.23.1")
dyn.load("/opt/oracle/instantclient_23_4/libnnz.so")

> DBI::dbConnect(odbc::odbc(), 'test', pwd = 'asdf')
Error: nanodbc/nanodbc.cpp:1138: 00000
[unixODBC][Driver Manager]Driver's SQLAllocHandle on SQL_HANDLE_HENV failed

现寻求解决该问题的方法。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alex