R会话频繁崩溃求助：MacOS环境下运行绘图代码异常

环境信息 #

• MacOS Sonoma 14.5
• R 4.4.0
• RStudio 2024.04.0+735
• 已重装R和RStudio，单独R控制台可正常使用，仅运行特定绘图代码时崩溃

排查与解决步骤 #

1. 检查并更新包版本兼容性

R 4.4.0为较新版本，部分第三方包可能存在适配问题：

• 先查看当前所用包的版本：

  packageVersion("openxlsx")
  packageVersion("ggplot2")
  packageVersion("ggsci")
  packageVersion("gridExtra")
  packageVersion("ggpubr")
  

• 更新所有包至最新版：

  update.packages(ask = FALSE)
  

• 若更新后仍崩溃，尝试降级ggpubr至稳定版（如0.6.0），因stat_compare_means是该包函数，可能与R 4.4.0存在兼容性冲突：

  remove.packages("ggpubr")
  install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggpubr/ggpubr_0.6.0.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
  

2. 简化代码定位崩溃点

逐步拆分代码，确认具体哪部分导致崩溃：

• 先验证数据读取与子集化是否正常：

  library(openxlsx)
  s <- read.xlsx("PPCPs sum.xlsx", "sources total", colNames = TRUE)
  s_sub <- subset(s, s$Type == "Water" & s$Seasons == "Winter" & s$Chem == "IBU")
  # 检查数据结构和内容
  str(s_sub)
  head(s_sub)
  

• 单独运行ggboxplot，排除绘图基础逻辑问题：

  library(ggplot2)
  library(ggsci)
  library(ggpubr)
  p <- ggboxplot(s_sub, x = "Sources", y = "Conc", color = "Sources", palette = "jco", add = "jitter")
  print(p)
  

• 若上述步骤正常，再单独添加stat_compare_means，确认是否为该函数触发崩溃：

  p + stat_compare_means(aes(group = Sources), method = "kruskal.test", label = "p.signif")
  

3. 调整RStudio图形设备设置

MacOS Sonoma与RStudio默认图形设备可能存在冲突：

• 打开RStudio设置：Tools > Global Options > General > Graphics，将Backend从"AGG"切换为"Quartz"，重启RStudio后重试。
• 或在代码开头手动指定图形设备：

  quartz()
  # 后续运行绘图代码
  

4. 排查系统级问题

• 检查系统权限：进入系统设置 > 隐私与安全性 > 完全磁盘访问权限，确保RStudio和R均已被授予权限。
• 释放系统内存：关闭其他占用大量内存的应用，避免因内存不足导致R会话崩溃。可通过终端top命令查看内存占用情况。

5. 替代方案（若以上无效）

用ggplot2结合ggsignif替代ggpubr的统计标注功能，避开潜在兼容性问题：

library(ggplot2)
library(ggsci)
library(ggsignif)

ggplot(s_sub, aes(x = Sources, y = Conc, color = Sources)) +
  geom_boxplot() +
  geom_jitter() +
  scale_color_jco() +
  geom_signif(comparisons = combn(unique(s_sub$Sources), 2, simplify = FALSE),
              test = "kruskal.test",
              map_signif_level = TRUE)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者lin liu