含斜杠的miRNA家族名如何通过curl调用ENCORI API获取ceRNA数据?
如何用curl处理含斜杠的miRNA家族名以调用ENCORI ceRNA API
问题背景
我有一批microRNA(miRNA)家族名称,其中部分格式为miR-10-5p,还有部分包含正斜杠,例如miR-1-3p/206。我希望使用ENCORI(或starBase)数据库的Web API获取这些miRNA家族的ceRNA数据。
可正常执行的命令(无斜杠miRNA)
以下curl命令可成功获取不含斜杠的miRNA家族数据:
curl 'https://rnasysu.com/encori/api/ceRNA/?assembly=hg38&geneType=mRNA&ceRNA=all&miRNAnum=2&family=miR-10-5p&pval=0.01&fdr=0.01&pancancerNum=0' >ENCORI_hg38_ceRNA-network_all.txt
遇到的异常情况(含斜杠miRNA)
针对含斜杠的miRNA家族,直接使用等效命令无法正常运行:
curl 'https://rnasysu.com/encori/api/ceRNA/?assembly=hg38&geneType=mRNA&ceRNA=all&miRNAnum=2&family=miR-1-3p/206&pval=0.01&fdr=0.01&pancancerNum=0' >ENCORI_hg38_ceRNA-network_all.txt
我尝试将/替换为URL编码后的%2F,但问题依然存在:
curl 'https://rnasysu.com/encori/api/ceRNA/?assembly=hg38&geneType=mRNA&ceRNA=all&miRNAnum=2&family=miR-1-3p%2F206&pval=0.01&fdr=0.01&pancancerNum=0' >ENCORI_hg38_ceRNA-network_all.txt
疑问
- 在curl命令中应如何正确处理含斜杠的miRNA家族名称?
- 我找到的关于curl处理含斜杠URL的问题是否和我的情况一致?URL编码对此到底有什么帮助?
内容的提问来源于stack exchange,提问作者V_Vibes
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