MacBook安装bowtie2遇Python3.5虚拟环境创建失败求助

为什么Python3.5虚拟环境创建失败？ #

Python3.5早在2020年就停止维护了，而且苹果M系列芯片的osx-arm64架构下，conda官方、bioconda、conda-forge这些渠道里根本没有适配该架构的Python3.5包——加任何额外渠道都解决不了这个问题。

两种bowtie2安装方案（选一种即可） #

方案一：必须用Python3.5的话（借助Rosetta2） #

苹果M系列芯片可通过Rosetta2模拟x86架构来安装旧版本Python：

1. 调整终端设置：右键「终端」→「显示简介」→勾选「使用Rosetta打开」，之后重启终端。
2. 创建x86架构的Python3.5环境：

   conda create -n p35env_x86 python=3.5
   

3. 激活该环境：

   conda activate p35env_x86
   

4. 安装bowtie2：

   conda install bowtie2 -c bioconda
   

方案二：直接装适配arm架构的bowtie2（更推荐，无需纠结Python3.5） #

bowtie2本身对Python版本要求不高，用新Python版本的arm环境更流畅：

1. 创建兼容arm的Python环境（比如选Python3.10，3.8及以上版本都可行）：

   conda create -n bowtie2_env python=3.10
   

2. 激活环境：

   conda activate bowtie2_env
   

3. 安装bowtie2：

   conda install bowtie2 -c bioconda
   

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Drew Mitchell Ramos