Python中安装RXNFP模块失败求助：pip/git clone均遇问题

问题背景 #

尝试安装RXNFP模块，遵循官方建议用Conda管理依赖，但无论是pip install rxnfp还是源码克隆安装都失败。已更新pip并通过rustup安装了Rust，仍遇到编译错误。

环境信息 #

• 操作系统：macOS 14.4.1 (23E224)
• Python版本：3.6
• Conda版本：conda 23.7.4

执行的安装步骤 #

conda create -n rxnfp python=3.6 -y
conda activate rxnfp
conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y
conda install -c tmap tmap -y
pip install rxnfp

核心报错信息 #

running build_rust
error: can't find Rust compiler

...
ERROR: Failed building wheel for tokenizers
Failed to build tokenizers
ERROR: Could not build wheels for tokenizers, which is required to install pyproject.toml-based projects

解决方法 #

1. 让Conda环境识别Rust编译器 #

安装Rust后，当前终端窗口可能未加载Rust的环境变量。关闭终端重新打开，激活rxnfp环境后再执行安装命令。若仍无效，手动添加Rust路径到当前会话：

export PATH="$HOME/.cargo/bin:$PATH"
pip install rxnfp

2. 安装适配Python3.6的tokenizers预编译版本 #

Python3.6已停止维护，新版本tokenizers无对应预编译包，需指定兼容旧版本：

pip install tokenizers==0.10.3
pip install rxnfp

3. 升级Python版本（推荐方案） #

Python3.6对现代包的支持有限，更换为3.8版本重新构建环境：

conda create -n rxnfp_py38 python=3.8 -y
conda activate rxnfp_py38
conda install -c rdkit rdkit=2020.03.3 -y
conda install -c tmap tmap -y
pip install rxnfp

新版本Python可直接使用预编译依赖包，避免编译问题。

4. 源码安装时锁定依赖版本 #

若选择源码克隆安装，修改项目依赖文件指定兼容的tokenizers版本：

git clone https://github.com/rxn4chemistry/rxnfp.git
cd rxnfp
echo "tokenizers==0.10.3" >> requirements.txt
pip install -e .

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Diego De Lozada