使用Bioconductor Slingshot做Trajectory Inference时遇matrixStats报错求助

你遇到的报错是由于matrixStats包从1.2.0版本开始，不再支持useNames = NA这个参数，必须明确指定useNames = TRUE或useNames = FALSE。以下是具体解决步骤：

• 先确认当前matrixStats版本：
  运行代码：packageVersion("matrixStats")，确认版本在1.2.0及以上。
• 临时全局设置默认值：
  直接运行matrixStats::matrixStats.options(useNames = TRUE)（保留名称）或matrixStats::matrixStats.options(useNames = FALSE)（不保留名称），设置后重新运行Slingshot分析，多数情况下可以临时解决问题。
• 更新Slingshot及相关依赖：
  可能是旧版Slingshot调用matrixStats时使用了已废弃的参数，通过Bioconductor更新到最新版：
  BiocManager::install("slingshot", update = TRUE, ask = FALSE)
  该命令会自动更新Slingshot及其依赖包，适配新版matrixStats的参数要求。
• 检查自定义代码：
  如果你的分析代码中直接调用了matrixStats的函数，手动将其中的useNames = NA替换为TRUE或FALSE。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pratik Pathade