使用MASS包qda()时S3 formula类方法调用异常求助

问题原因 #

使用dplyr管道%>%传递数据给MASS::qda()时，管道会自动把左侧数据集作为第一个参数传入qda()，但qda()的formula方法签名为qda(formula, data, ...)——第一个参数需要是公式，第二个才是数据集。管道的自动传参会导致qda()误将数据集识别为x参数，转而调用默认的qda.default()方法，触发各类错误：

• 第一种调用中，数据集被当成x，公式被当成grouping，两者长度不匹配，报错nrow(x) and length(grouping) are different
• 第二种调用中，数据集被当成x，但未传入grouping参数，报错argument "grouping" is missing

解决方案 #

方案1：直接调用（不使用管道） #

这是最稳妥的方式，明确对应formula方法的参数位置：

library(MASS)
library(tibble)
set.seed(123) # 固定随机种子保证可复现
data = tibble(Outcome = c(rep("in", 30), rep("out", 80)),
              Pred1 = sample(30:80, 110, replace = T),
              Pred2 = sample(c(rep("up", 80), rep("down", 30))))

model.qda <- qda(Outcome ~ Pred1 + Pred2, data = data)

方案2：保留管道，明确指定参数 #

用.指代管道传递的数据集，明确将其传给data参数，避免管道自动覆盖第一个参数：

# 直接在管道中指定公式
model.qda <- data %>% 
  qda(formula = Outcome ~ Pred1 + Pred2, data = .)

# 先定义公式再传入的写法
myformula <- Outcome ~ Pred1 + Pred2
model.qda <- data %>% 
  qda(formula = myformula, data = .)

方案3：用with()包裹调用 #

通过with()让数据集作为上下文，qda()可直接识别公式中的变量，同时保留管道：

model.qda <- data %>% 
  with(qda(Outcome ~ Pred1 + Pred2))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者askAway