Ubuntu 20.04+Nginx环境下Let's Encrypt证书显示所有虚拟主机域名的问题及单独泛域名证书申请咨询

嗨，我来帮你理清这个问题的来龙去脉，以及对应的解决办法：

首先明确一点：这完全不是DNS记录的问题！你看到证书里同时显示两个域名的所有SAN条目，根本原因是当初使用Certbot申请证书时，把domain1.com、www.domain1.com、domain2.com、www.domain2.com这四个域名都塞进了同一张证书里——Certbot当时的建议只是把你服务器上已配置的所有Nginx虚拟主机域名列出来，如果你没仔细看就确认了，就会生成包含所有这些域名的SAN证书，所以现在查看证书时才会显示全部域名。

接下来给你分步说明怎么解决，以及如何为每个域名单独申请泛域名证书：

第一步：删除现有的联合证书 #

先查看当前服务器上的所有Certbot证书，找到那个包含四个域名的证书：

sudo certbot certificates

从输出里找到对应证书的名称（看Domains字段确认是包含四个域名的那条，证书名称可能类似domain1.com-0001），然后执行删除命令：

sudo certbot delete --cert-name [你的证书名称]

（把[你的证书名称]替换成实际的证书名）

第二步：为每个域名单独申请泛域名证书 #

泛域名证书（*.domainX.com）需要使用ACME v2协议，用Nginx插件的HTTP验证就能快速完成（前提是你的Nginx配置已经正确对应域名）。下面是具体命令：

为domain1.com申请泛域名证书 #

sudo certbot certonly --nginx --server https://acme-v02.api.letsencrypt.org/directory -d domain1.com -d *.domain1.com

这个命令会自动通过Nginx插件完成验证，生成包含domain1.com和所有子域（比如www、blog、mail等）的证书。

为domain2.com申请泛域名证书 #

同样执行类似命令：

sudo certbot certonly --nginx --server https://acme-v02.api.letsencrypt.org/directory -d domain2.com -d *.domain2.com

第三步：更新Nginx虚拟主机配置 #

确保每个域名的Nginx配置文件里，指定对应证书的路径：

比如domain1.com的Nginx配置文件（通常在/etc/nginx/sites-available/目录下）里，SSL部分要写：

ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/domain1.com/fullchain.pem;
ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/domain1.com/privkey.pem;

domain2.com的配置文件则对应改为：

ssl_certificate /etc/letsencrypt/live/domain2.com/fullchain.pem;
ssl_certificate_key /etc/letsencrypt/live/domain2.com/privkey.pem;

修改完成后，重启Nginx使配置生效：

sudo systemctl restart nginx

这样处理之后，当你访问https://domain1.com查看证书时，只会看到domain1.com和*.domain1.com的SAN条目，domain2相关的域名就不会出现在里面了；反过来访问domain2的网站也是一样的效果。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者user174174