运行Biopython导入SeqIO代码时出现循环导入错误，求助解决

我运行这段简单的Biopython代码时：

from Bio import SeqIO
for seq_record in SeqIO.parse("ls_orchid.fasta", "fasta"):
    print(seq_record.id)
    print(repr(seq_record.seq))
    print(len(seq_record))

一直遇到如下错误：

ImportError: cannot import name 'pairwisealigner' from partially initialized module 'Bio.Align' (most likely due to a circular import) (C:\Users\conno\AppData\Local\Packages\PythonSoftwareFoundation.Python.3.12_qbz5n2kfra8p0\LocalCache\local-packages\Python312\site-packages\Bio\Align_init.py)

查看Bio/Align/__init__.py里的注释说明：

# Import errors may occur here if a compiled _pairwisealigner.c file or
# compiled _codonaligner.c file (_pairwisealigner.pyd or _pairwisealigner.so,
# or _codonaligner.pyd or _codonaligner.so) is missing or if the user is
# importing from within the Biopython source tree, see PR #2007:
# https://github.com/biopython/biopython/pull/2007

我完全搞不懂这些内容，不知道该怎么解决这个问题。

解决方案 #

• 重新安装Biopython：错误核心是编译后的组件缺失，先卸载再重装能解决大部分问题：

  pip uninstall biopython -y
  pip install biopython
  

  注意：Python 3.12需要Biopython 1.81及以上版本支持，安装时会自动匹配适配版本。

• 不要在Biopython源码目录运行脚本：如果你的脚本放在Biopython的源码文件夹里，会触发循环导入。把脚本移到其他目录再执行。

• 手动补全编译文件：如果重装后还是不行，确认你的系统架构（x86/ARM）和Python版本一致，找到对应版本的_pairwisealigner.pyd（Windows）或_pairwisealigner.so（Linux/macOS），替换到Bio/Align目录下的同名文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Connor Kirke