使用R调用Supabase API爬取SER-SID数据的遗留问题求助

问题1：种子重量（seed_weights）数据未返回 #

SER-SID的Supabase API默认不会返回所有字段，或者seed_weights存储在关联表中。你需要在API请求的select参数里明确指定要获取该字段，或者关联对应的表。

修正请求参数示例 #

假设你之前的API请求框架如下，修改select参数确保包含seed_weights：

library(httr)
library(jsonlite)

supabase_url <- "https://ser-sid.supabase.co/rest/v1/species"
api_key <- "your-api-key"

response <- GET(
  supabase_url,
  add_headers(
    "apikey" = api_key,
    "Authorization" = paste("Bearer", api_key)
  ),
  query = list(
    select = "*,seed_weights"  # 明确指定获取seed_weights字段
  )
)

raw_data <- fromJSON(content(response, "text"))

如果seed_weights在关联表（比如seed_traits）中，改用关联查询语法：

query = list(
  select = "*,seed_traits(seed_weights)"
)

问题2：DataFrame包含列表类型变量 #

用tidyr::unnest()可以将列表列展开为常规列，或根据嵌套结构用purrr处理：

扁平化列表列示例 #

library(tidyr)
library(dplyr)
library(purrr)

# 展开seed_weights列表（保留空值）
flattened_data <- raw_data %>%
  unnest(cols = seed_weights, keep_empty = TRUE)

# 若列表是嵌套JSON结构，先转成数据框再展开
flattened_data <- raw_data %>%
  mutate(seed_weights = map(seed_weights, as.data.frame)) %>%
  unnest(cols = seed_weights)

# 若不需要展开，可将列表转为字符串
flattened_data <- raw_data %>%
  mutate(seed_weights_str = map_chr(seed_weights, ~ paste(.x, collapse = "; ")))

完整可运行代码 #

library(httr)
library(jsonlite)
library(dplyr)
library(tidyr)

supabase_url <- "https://ser-sid.supabase.co/rest/v1/species"
api_key <- "your-api-key"

# 请求包含seed_weights的完整数据
response <- GET(
  supabase_url,
  add_headers(
    "apikey" = api_key,
    "Authorization" = paste("Bearer", api_key)
  ),
  query = list(
    select = "*,seed_weights"
  )
)

# 解析并处理数据
final_data <- fromJSON(content(response, "text")) %>%
  unnest(cols = seed_weights, keep_empty = TRUE) %>%
  mutate(across(where(is.list), ~ map_chr(.x, ~ paste(.x, collapse = ", "))))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Derek Corcoran