如何基于Python字典定义rule all以生成指定格式的输出文件路径？

假设我有以下Python字典：

d = {'A': ['a', 'b', 'c'],
     'B': ['d', 'e', 'f']}

我希望针对字典d中的每个键，为d[key]内的每个元素生成格式为f"{key}/plots/{element}.pdf"的文件路径。

具体来说，基于上述字典d，期望得到的输出文件路径如下：

"A/plots/a.pdf"
"A/plots/b.pdf"
"A/plots/c.pdf"
"B/plots/d.pdf"
"B/plots/e.pdf"
"B/plots/f.pdf"

请问如何定义一个rule all，基于该字典选择性地展开输入以实现此需求？

解决方案 #

在Snakemake中，你可以通过遍历字典的键值对生成目标路径列表，直接传入rule all的input参数，有两种常见实现方式：

方式一：列表推导式（简洁写法）

d = {'A': ['a', 'b', 'c'],
     'B': ['d', 'e', 'f']}

# 嵌套推导式生成所有目标路径
all_targets = [f"{key}/plots/{elem}.pdf" for key, elems in d.items() for elem in elems]

rule all:
    input:
        all_targets

方式二：普通循环（可读性更强）

如果觉得嵌套推导式不够直观，也可以用循环逐步构建路径列表：

d = {'A': ['a', 'b', 'c'],
     'B': ['d', 'e', 'f']}

all_targets = []
for key, elems in d.items():
    for elem in elems:
        all_targets.append(f"{key}/plots/{elem}.pdf")

rule all:
    input:
        all_targets

说明 #

两种写法最终都会生成符合要求的路径列表，rule all会将这些路径作为全局目标，触发对应的规则来生成这些文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者BCArg