如何在Snakemake Shell的单引号与占位符中使用变量

问题重现 #

以下是简化后的Snakemake规则：

rule test:
    output:
        output_tex = expand("TPA_{region}.tex", region = [0,1]),
    shell:
        """
        for((i=0;i<2;i++));
        do echo '"{output.output_tex['$i']}"';
        done
        """

预期输出：

"TPA_0.tex"
"TPA_1.tex"

问题核心：在Snakemake的shell脚本中，尝试用'$i'引用Bash循环变量来索引Snakemake的输出列表时，会因为语法歧义导致解析失败，无法得到预期结果。

可行解决方案 #

方案1：将Snakemake输出转为Bash数组 #

先把Snakemake生成的输出列表赋值给Bash数组，再在循环中通过数组索引调用：

rule test:
    output:
        output_tex = expand("TPA_{region}.tex", region = [0,1]),
    shell:
        """
        FILES=({output.output_tex})
        for ((i=0; i<2; i++)); do
            echo "\"${FILES[$i]}\""
        done
        """

原理：({output.output_tex})会将Snakemake展开的多个文件名直接转为Bash数组元素，后续用标准的Bash数组索引${FILES[$i]}即可正常获取对应文件路径。

方案2：利用Snakemake内置循环特性 #

如果不需要复杂的Bash循环逻辑，直接使用Snakemake对多输出的自动循环展开：

rule test:
    output:
        output_tex = expand("TPA_{region}.tex", region = [0,1]),
    shell:
        """
        echo '"{output}"'
        """

原理：当{output}对应多个输出文件时，Snakemake会自动遍历每个文件路径并执行shell命令，直接输出预期结果。

方案3：通过eval解析变量（慎用） #

如果必须保留Bash循环的复杂逻辑，可借助eval强制解析顺序：

rule test:
    output:
        output_tex = expand("TPA_{region}.tex", region = [0,1]),
    shell:
        """
        for i in {0..1}; do
            eval 'echo "\"{output.output_tex[$i]}\""'
        done
        """

注意：eval存在安全风险，若输出文件名包含特殊字符可能引发问题，优先推荐前两种方案。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者RedQuark