如何让pheatmap按输入基因列表的顺序排列行？

问题出在dplyr::filter()搭配%in%筛选时，返回的行顺序是原数据框中基因出现的顺序，而非你定义的hit.ecm列表顺序。下面是几种高效的批量排序方法，无需手动指定行索引：

方法1：用dplyr的slice_match（推荐，dplyr 1.1.0+版本支持） #

直接根据行名匹配hit.ecm的顺序重新排列：

library(dplyr)
hit.ecm.data_ordered <- hit.ecm.data |> 
  slice_match(row.names() == hit.ecm)

方法2：将行名转为因子后排序 #

把行名转换成因子，指定因子水平为hit.ecm的顺序，再按因子排序：

hit.ecm.data_ordered <- hit.ecm.data |> 
  mutate(gene = row.names()) |> 
  mutate(gene = factor(gene, levels = hit.ecm)) |> 
  arrange(gene) |> 
  select(-gene) |> 
  tibble::column_to_rownames("gene") # 恢复行名格式

方法3：Base R直接索引 #

利用行名直接按hit.ecm顺序取行，简单高效：

hit.ecm.data_ordered <- hit.ecm.data[hit.ecm, ]

注：因为你已经用%in%筛选过，hit.ecm里的基因都存在于hit.ecm.data中，所以直接索引不会报错。

之后用排序好的数据框绘制热图即可：

hm_hitecmdata <- pheatmap(hit.ecm.data_ordered,
         main="ECM Markers",
         cluster_rows = F,
         cluster_cols = F,
         scale="row",
         show_rownames = T,
         show_colnames = F,
         border_color = F)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者mellifluous