如何在R语言绘制的弦图中显示原始行名

问题描述 #

我希望在R语言绘制的弦图中，将扇区标签替换为原始数据的行名，而非当前显示的R1、R2、R3。尝试了以下代码，但生成的弦图仍显示R1、R2、R3等默认标签：

library(circlize)
library(readr)
df <- read_csv("chord_diag_final.csv", show_col_types = FALSE)
rownames(df) <- df[[1]]
df <- df[,-1]
print(rownames(df))
data <- as.matrix(df)

chordDiagram(as.data.frame(data), annotationTrack = "grid", preAllocateTracks = 1)
circos.trackPlotRegion(track.index = 2, panel.fun = function(x, y) {
  xlim = get.cell.meta.data("xlim")
  ylim = get.cell.meta.data("ylim")
  sector.name = get.cell.meta.data("sector.index")
  
  circos.text(mean(xlim), ylim[1] + 2.5, sector.name, 
              facing = "clockwise", niceFacing = TRUE, adj = c(0, 0.5), cex=0.6)
  
  circos.axis(h = "top", labels.cex = 0.5, major.tick.percentage = 0.2, 
              sector.index = sector.name, track.index = 2)
}, bg.border = NA)

解决方案 #

问题出在将矩阵转换为data.frame时，行名信息丢失，导致chordDiagram使用默认的R1/R2命名。修正方法如下：

修正后的代码 #

library(circlize)
library(readr)

# 读取数据并设置行名
df <- read_csv("chord_diag_final.csv", show_col_types = FALSE)
rownames(df) <- df[[1]]
df <- df[,-1]

# 转换为矩阵，并确保列名与行名一致（因为数据是对称的，行/列对应同一类别）
data_matrix <- as.matrix(df)
colnames(data_matrix) <- rownames(data_matrix)

# 直接传入矩阵到chordDiagram，无需转成data.frame
chordDiagram(data_matrix, annotationTrack = "grid", preAllocateTracks = 1)

# 绘制自定义标签和轴
circos.trackPlotRegion(track.index = 2, panel.fun = function(x, y) {
  xlim <- get.cell.meta.data("xlim")
  ylim <- get.cell.meta.data("ylim")
  sector.name <- get.cell.meta.data("sector.index")
  
  circos.text(mean(xlim), ylim[1] + 2.5, sector.name, 
              facing = "clockwise", niceFacing = TRUE, adj = c(0, 0.5), cex=0.6)
  
  circos.axis(h = "top", labels.cex = 0.5, major.tick.percentage = 0.2, 
              sector.index = sector.name, track.index = 2)
}, bg.border = NA)

# 关闭circos绘图环境，避免后续冲突
circos.clear()

关键修正点 #

1. 保留矩阵的行/列名：不要将矩阵转换为data.frame，直接使用带命名的矩阵传入chordDiagram，函数会自动识别行名和列名作为扇区标签。
2. 统一列名与行名：因为你的数据是对称关联矩阵，列名需要和行名保持一致，确保扇区对应原始类别名称。
3. 添加circos.clear()：完成绘图后清理circos环境，避免影响后续绘图操作。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shradha Sharma