求助：用R语言ggplot绘制基于species的seed type分面箱线图

我正在用R语言编写代码，想基于species条件绘制箱线图。

数据详情 #

数据说明：包含34个物种（species），2种种子类型（stored和initial），germination time为数值型变量。我需要绘制目标样式的图形，且必须用ggplot实现。尝试了以下分面绘制代码，但未得到预期效果：

plot2 <- ggplot(mydata, aes(x=factor(species), y=mgt,fill = species))+
  geom_boxplot(outliers = F)+ theme(legend.position = "bottom") 
plot3 <- plot2 + coord_flip()+ facet_wrap(seed_type) + scale_x_discrete(name = "Seed Type") + scale_y_continuous(name = "Germination Time")
plot3  

核心问题梳理 #

1. 隐藏异常值的参数错误：geom_boxplot中正确隐藏异常值的参数是outlier.shape = NA，而非outliers = F
2. 坐标轴标签匹配错误：x轴实际对应species，不能命名为"Seed Type"
3. 变量名需统一：需确认代码中mgt是否对应数据里的germination time，建议先规范列名避免空格问题

修正后的分面绘制代码 #

# 先规范列名（避免空格导致的报错）
mydata <- mydata %>% 
  rename(germination_time = `germination time`,
         seed_type = `seed type`)

# 绘制分面箱线图
ggplot(mydata, aes(x = species, y = germination_time, fill = species)) +
  geom_boxplot(outlier.shape = NA) + # 隐藏异常值
  coord_flip() + # 翻转坐标轴
  facet_wrap(~seed_type, ncol = 1) + # 按种子类型分面，单列布局
  labs(x = "物种", y = "发芽时间") + # 修正坐标轴标签
  theme(legend.position = "bottom")

备选：同一物种的两种种子类型箱线图并排展示 #

如果目标图是让同一物种的两种种子类型箱线图并排（而非分面），可使用以下代码：

ggplot(mydata, aes(x = species, y = germination_time, fill = seed_type)) +
  geom_boxplot(outlier.shape = NA, position = position_dodge(width = 0.8)) + # 并排展示
  coord_flip() +
  labs(x = "物种", y = "发芽时间", fill = "种子类型") +
  theme(legend.position = "bottom")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bandara Rathnathilaka