交互式与自动化运行同一R脚本结果不一致问题排查

我有一个处理单细胞cds对象、为每个细胞分配hash barcodes的R脚本，该脚本输出p值，但同一脚本在交互式会话与自动化运行时得到的p值不同——自动化运行时p值趋近于1。我读取两种模式下的p值并绘制了-log10(p值)直方图进行对比。

以下是导致结果不一致的核心脚本片段：

chisq_vs_background <- function(test_hash_matrix, hash_frequencies) {
  hash_frequencies_nz <- which(hash_frequencies > 0)
  hash_frequencies <- hash_frequencies[hash_frequencies_nz]
  pvals <- pbapply(test_hash_matrix[, hash_frequencies_nz], 1, function(x) {
    tryCatch({
      res <- chisq.test(x, p=hash_frequencies, simulate.p.value=FALSE)
      unlist(res[["p.value"]])
    }, error=function(e) {
      # 返回1.0
      print("error")
    })
  })
  return(pvals)
}

我已尝试的排查步骤：

• 交互式运行时清空工作区，未解决问题
• 对比两种模式下的sessionInfo()，包版本无差异
• 设置随机种子，未能解决问题

请问R在交互式会话与脚本调用时，对输入文件或脚本的解读是否存在差异？

内容的提问来源于stack exchange，提问作者athuyvo