如何在ggplot中添加全局loess平滑线并保留分组颜色？

我想创建一张带Loess平滑线的散点图，捕捉整个时间段的趋势。研究对象是孕妇，所以希望根据妊娠阶段给每个点上色，同时查看趋势线是否随孕周变化。但添加geom_smooth(method = "loess")后，出现了多条Loess线，而不是一条全局趋势线。

原代码：

scr_delivery_plot<- ggplot(sbk2, aes(x = as.numeric(gestational_age), y = as.numeric(scr), color = as.factor(status))) +
  geom_point()+
  scale_color_manual(values = cols)

delscrplt2<- scr_delivery_plot + theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1)) 

print(delscrplt2+ ggtitle("Scr: +/- 14 day delivery definition")
      + labs(colour = "Trimesters+Delivery")) +
  geom_smooth(method = "loess")

解决办法 #

问题根源是你把color = as.factor(status)放在了全局的aes()映射中，ggplot会默认按这个分组变量分别绘制平滑线。要得到单条全局Loess线，只需将颜色映射限定在散点图层即可：

方案一：限定颜色映射到散点图层（推荐） #

# 全局aes仅保留x、y轴映射
scr_delivery_plot <- ggplot(sbk2, aes(x = as.numeric(gestational_age), y = as.numeric(scr))) +
  # 仅让散点按妊娠阶段上色
  geom_point(aes(color = as.factor(status))) +
  scale_color_manual(values = cols) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1)) +
  ggtitle("Scr: +/- 14 day delivery definition") +
  labs(colour = "Trimesters+Delivery") +
  # 基于全部数据生成单条Loess平滑线
  geom_smooth(method = "loess")

print(scr_delivery_plot)

方案二：强制平滑线按全局分组 #

如果你想保留全局的颜色映射，也可以在geom_smooth()中显式指定分组为1，强制绘制单条全局线：

scr_delivery_plot<- ggplot(sbk2, aes(x = as.numeric(gestational_age), y = as.numeric(scr), color = as.factor(status))) +
  geom_point()+
  scale_color_manual(values = cols) +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, vjust = 0.5, hjust=1)) +
  ggtitle("Scr: +/- 14 day delivery definition") +
  labs(colour = "Trimesters+Delivery") +
  # 强制绘制单条全局线
  geom_smooth(method = "loess", aes(group = 1))

print(scr_delivery_plot)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者longshot_ologist