ggboxplot误差线疑问：误差类型及添加标准差误差线方法

一、bxp.errorbar=TRUE生成的误差线是什么？ #

当你给ggboxplot()加上bxp.errorbar = TRUE时，出现的误差线本质是箱线图须（whiskers）的另一种显示形式，它对应的范围和默认箱线图的须完全一致：上边界是第三四分位数（Q3）加1.5倍四分位距（IQR），下边界是第一四分位数（Q1）减1.5倍IQR。这个范围和置信区间、标准差、标准误都没关系，就是箱线图原生的极值范围。

二、怎么添加标准差误差线？ #

因为ggboxplot是基于ggplot2封装的，要加标准差误差线，有两种实用方法：

方法1：先统计分组的均值和标准差，再叠加误差线 #

先用dplyr按你的分组变量（Group和Type）计算每个组的均值和标准差：

library(dplyr)
summary_stats <- AllLiveNaiveFIULearnedPanamaAnalysisNoOutliers %>%
  group_by(Group, Type) %>%
  summarise(
    avg_time = mean(Seconds_Fixed, na.rm = TRUE),
    sd_time = sd(Seconds_Fixed, na.rm = TRUE),
    .groups = "drop"
  )

然后在原箱线图代码后叠加geom_errorbar：

ggboxplot(AllLiveNaiveFIULearnedPanamaAnalysisNoOutliers, 
          x = "Group", 
          y = "Seconds_Fixed", 
          fill = "grey40", 
          ylab = "Time (seconds)", 
          xlab = "Quadrant",
          color = "Type", 
          ylim = c(0, 6500)) +
  geom_errorbar(data = summary_stats,
                aes(x = Group, ymin = avg_time - sd_time, ymax = avg_time + sd_time, color = Type),
                width = 0.2) # width控制误差线两端的短横线长度

方法2：用stat_summary自动计算并添加 #

不需要提前统计，直接用stat_summary让ggplot自动计算每个组的均值和标准差，然后生成误差线：

ggboxplot(AllLiveNaiveFIULearnedPanamaAnalysisNoOutliers, 
          x = "Group", 
          y = "Seconds_Fixed", 
          fill = "grey40", 
          ylab = "Time (seconds)", 
          xlab = "Quadrant",
          color = "Type", 
          ylim = c(0, 6500)) +
  stat_summary(
    fun.data = function(x) {
      m <- mean(x, na.rm = TRUE)
      s <- sd(x, na.rm = TRUE)
      data.frame(y = m, ymin = m - s, ymax = m + s)
    },
    aes(color = Type),
    geom = "errorbar",
    width = 0.2
  )

如果需要在误差线中间显示均值点，可以再加一层stat_summary：

# 在上面的代码后继续添加
stat_summary(
  fun = mean,
  aes(color = Type),
  geom = "point",
  size = 2 # 控制点的大小
)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user25994427